Zotero Paper Agent

1. 项目介绍#

PDF-RAG-Agent 是一个面向 Zotero 个人论文库的智能论文研究助手。它基于 FastAPI、SSE 流式对话和可视化前端，将用户问题先解析为结构化意图，再通过会话记忆、本地 PDF 语料检索、必要的 Web 搜索、证据抽取、claim 生成与 grounding 校验，最终输出带引用来源的 Markdown 回答。系统支持 PDF 文本、表格、图像/图注等多模态证据处理，默认使用 Milvus Dense 向量检索（可选 BM25/Title Anchor 多路融合），并在前端实时展示 Intent、Tool Loop、Evidence、Verification 和 PDF 预览，让论文问答从普通 RAG 升级为一个可追踪、可校验、支持多轮研究上下文的论文 Agent。

2. 项目背景与目标#

2.1 为什么需要这个项目#

该项目是在学习了RAG技术、Agent知识等内容后，想要做一个实际有价值、能解决固定问题的Agent系统，从而锻炼自己的Agent设计能力，积累相关经验。

2.2 普通 PDF RAG 的问题#

常见的PDF RAG方法，对于大量pdf而言，召回困难，且得到的信息生硬，并且一旦需要多次RAG才能得到答案的问题，完全无法解决。

2.3 想解决什么#

我们的目标是实现一个智能论文研究助手。它不仅要能快速找到目标论文，还要能完成多论文比较、论文公式提取、论文图表理解、用户意图拆解、多轮上下文延续和基础自我认知。也就是说，系统不能只停留在"检索一段文本然后回答"的普通 RAG 形态，而是需要在 RAG 层面做精细设计，并配合一个成熟可用的 Agent 系统，才能完成真实论文研究场景中的复杂问题。

3. 系统架构总览#

PDF-RAG-Agent 是一个围绕论文研究的 Agent Loop 系统。从部署视角看分为前端、API、Agent、检索、数据、模型调用六层。从代码组织看，app/services/ 下按职责分为四组：

1
app/services/
2
├── 基础设施
3
│   └── infra/          model_clients, confidence, prompt_safety
4
├── 数据与检索
5
│   ├── library/        core, zotero_sqlite, metadata_sql, citation_ranking
6
│   ├── retrieval/      DualIndexRetriever, indexing, pdf_extractor, vector_index, web_search
7
│   └── memory/         session_store, learnings, artifacts, research
8
├── 领域逻辑（14 个子包）
9
│   ├── intents/        LLMIntentRouter, research, conversation, library, figure, followup, marker_matching
10
│   ├── planning/       research plan, query_shaping, query_rewrite, compound_tasks, solver_dispatch
11
│   ├── contracts/      session_context, normalization, contextual_resolver, followup_relationship
12
│   ├── claims/         ★ 23 modules: solver_pipeline, 13 deterministic solvers, verifiers, helpers
13
│   ├── answers/        entity, evidence_presentation, citation_whitelist, followup, formula, paper, topology, library_recommendations
14
│   ├── entities/       definition_helpers, definition_profiles, type_inference
15
│   ├── followup/       candidates, relationship_memory
16
│   ├── clarification/  intents, questions, limit_runtime
17
│   ├── eval/           judge (LLM-as-judge for evaluation)
18
│   └── tools/          dynamic_context, proposals, registry_helpers
19
└── Agent 编排
20
    ├── agent/          ★ 26 modules: core, loop, planner, runtime, chat_runtime, compound, handlers, traces
21
    └── agent_mixins/   answer_composer, claim_verifier, entity_definition, followup_routing, solver_pipeline

与前几版最大的架构变化：Agent 核心不再是一个巨大的单文件，而是拆成了 agent/（编排）和 agent_mixins/（正交能力注入）两层。领域逻辑也不在 Agent 内部耦合——claims/（23 个模块）、intents/、planning/、contracts/、answers/ 都是独立的领域子包，Agent 通过组合它们完成推理。

3.1 前端层#

前端层由 app/static/index.html 提供单页页面，包含 Zotero 论文库侧栏、聊天区、运行时 Inspector、引用来源和 PDF 预览区域。用户的问题通过普通聊天接口或 SSE 流式接口发送到 API 层，前端再根据后端返回的 session、contract、agent_plan、plan、observation、agent_step、thinking_delta、tool_call、candidate_papers、screened_papers、evidence、solver_selection、claims、verification、reflection、confidence、answer_delta 和 final 等事件实时更新界面。它的重点不是承载复杂业务逻辑，而是提升系统可观察性。

3.2 API 层#

API 层是前端和后端之间的边界，由 app/api/routes.py 提供。暴露健康检查、论文库浏览、论文预览、PDF 访问、引用预览、索引重建、普通聊天、SSE 流式聊天和动态工具提案管理等接口。API 层不承担 Agent 推理，只负责接收请求、调用依赖注入得到的服务对象、处理异常并序列化响应。

3.3 Agent 编排层#

Agent 编排层由 agent/（26 个模块）和 agent_mixins/（6 个模块）组成，是整个系统的指挥中心。

agent/core.py 中的 ResearchAssistantAgent 通过多重继承组合五个 Mixin 获得正交能力：

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class ResearchAssistantAgentV4(
    FollowupRoutingMixin,    # 追问路由：识别纠正/延续/切换
    AnswerComposerMixin,     # 答案组合：按 relation 分发到不同 answer composer
    EntityDefinitionMixin,   # 实体定义：消歧 + 定义提取
    SolverPipelineMixin,     # Claim 求解：schema / deterministic / shadow 三路径
    ClaimVerifierMixin,      # Grounding 校验：三层验证
):

Agent 执行一条请求的完整流程在 chat_runtime.py → loop.py 中编排：

run_agent_chat_turn() — 入口：解析 session → compress 历史 → 创建 run context → 尝试 compound → 走 standard turn
run_standard_turn() → extract_agent_query_contract() → planner.plan_actions() → runtime.execute_*() → solver → verifier → composer
loop.py 区分 run_conversation_turn() 和 run_research_turn() 两条路径

agent/ 目录下的其他关键模块：

planner.py — AgentPlanner：tool-calling / JSON / fallback 三级 plan 生成
runtime.py — AgentRuntime：conversation 和 research 两条 tool loop 执行路径
tool_registries.py — 构建 conversation (12 工具) 和 research (19 工具) 的 RegisteredAgentTool 字典
tools.py — 20 个 AgentToolSpec（LLM 可见） + AgentToolExecutor（运行时调度）
research_*_handlers.py — 四个 research 阶段的 handler：search / compose / verification / reflection
compound.py — 复合查询分解（"比较 DPO 和 PPO" → 两个子任务并行）
task.py — Task 子任务委托
trace.py / trace_diff.py — 执行追踪与 diff

3.4 意图与规划层#

意图与规划层由三个子包构成，负责理解用户问题并生成执行计划：

intents/（10 模块）：router.py 中的 LLMIntentRouter 使用 tool-calling 模式做意图路由（5 个 tool choice → 20+ 种 relation）。research.py、conversation.py、library.py、figure.py、followup.py、memory.py 分别处理不同类型的意图标记和 answer slot 推断。contract_adapter.py 在 relation 和 answer_slots 之间做双向转换。marker_matching.py 提供 MarkerProfile 机制匹配用户问题中的关键词。
planning/（7 模块）：research.py 构建 ResearchPlan（召回模式、证据数量、solver 顺序）；query_shaping.py 从问题中提取 targets；query_rewrite.py 做多查询改写；compound_tasks.py 分解复合查询；solver_dispatch.py 和 solver_goals.py 决定哪些 solver 需要执行。
contracts/（8 模块）：session_context.py 构建每次 LLM 调用的会话上下文（含历史压缩）；normalization.py 规范化 targets；contextual_resolver.py 根据会话上下文消解实体引用；conversation_memory.py 管理跨轮次的 memory bindings；followup_relationship.py 处理追问关系继承。

关于 QueryContract：QueryContract 仍然是意图解析后的核心数据结构（定义在 domain/models.py），但它的构建不再是单一模块的责任。extract_agent_query_contract() 在 contract_extraction.py 中组合了 router 输出、target 抽取、followup 继承、pending clarification 处理等多个来源，最后统一规范化。

3.5 Claim 求解与验证层#

这是整个系统最庞大的领域逻辑层。claims/ 子包有 23 个模块，是论文问答的核心引擎：

求解器（solvers）：solver_pipeline.py 是总入口，调度 schema solver 和 deterministic solver。13 个 deterministic solver 各处理一种 relation（formula_solver、figure_solver、table_solver、text_solver、origin_solver、entity_definition_solver、concept_definition_solver、followup_research_solver、generic_solver 等），通过 _DETERMINISTIC_SOLVER_REGISTRY 注册。deterministic_runner.py 提供 solver 执行基础设施。
验证器（verifiers）：verifier_pipeline.py 编排验证流程；type_verifiers.py 按 claim 类型做确定性校验（公式完整性、数值精确度、起源引用正确性）；llm_verifier.py 处理需要语义判断的复杂验证。
辅助模块：formula_text.py、metric_text.py、visual_helpers.py 处理公式/指标/图表的文本提取；paper_helpers.py、paper_summary.py 处理论文元信息；origin_selection.py 处理起源论文选择。

与 claims 紧密配合的是 answers/（10 模块）、entities/（4 模块）、followup/（2 模块）和 clarification/（3 模块），它们负责将 claim 转化为最终回答、处理实体定义、管理追问候选和生成澄清问题。

3.6 检索与数据层#

retrieval/（9 模块）：core.py 中的 DualIndexRetriever 是在线检索核心——当前默认使用 Milvus Dense 单路召回。经过严格的消融实验（159 题 × 6 配置，详见 §11.5），text-embedding-3-large（3072 维）在 113 篇论文的封闭域上已达 Hit@1=97.5%，多路融合未带来增益，因此简化了默认检索路径。BM25 仍保留并修复了中文 jieba 分词；title anchor 和 relation anchor 保留为可选模块。indexing.py 中的 IngestionService 负责离线入库。pdf_extractor.py 基于 pypdf 做 PDF 文本和信号抽取。vector_index.py 封装 Milvus 向量索引。web_search.py 对接 Tavily API。
library/（4 模块）：zotero_sqlite.py 读取 Zotero 本地 SQLite；core.py 提供 LibraryBrowserService 论文库浏览；metadata_sql.py 提供 SQL 查询论文库元信息（供 query_library_metadata 工具使用）；citation_ranking.py 按引用数排序论文。
memory/（4 模块）：session_store.py 提供 SQLiteSessionStore（生产）和 InMemorySessionStore（测试）；learnings.py 管理持久化学习；artifacts.py 管理工具执行产物；research.py 管理研究记忆。

3.7 基础设施层#

infra/（3 模块）：model_clients.py 中的 ModelClients 统一封装 Chat（当前 deepseek-v4-flash）、VLM（gpt-4.1-mini）、Embedding（text-embedding-3-large，走 Qihai 网关）三个模型能力。confidence.py 处理置信度归一化。prompt_safety.py 做输入安全检查。
eval/（1 模块）：judge.py 提供 LLM-as-judge 评估能力。
tools/（3 模块）：proposals.py 管理动态工具提案的生命周期；registry_helpers.py 提供工具注册的辅助函数；dynamic_context.py 管理动态工具上下文。

4. 启动入口#

4.1 app/main.py#

app/main.py 是整个 FastAPI 后端的装配入口。它本身不负责论文问答、检索或 Agent 推理，而是负责把应用运行所需的几类东西串起来：读取配置、初始化日志、定义生命周期、创建 FastAPI 应用、注册 API 路由、提供前端页面（/ 返回 index.html，/v4 /v5 301 重定向到 /），并在依赖存在时暴露 /metrics 监控指标。

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from __future__ import annotations
from contextlib import asynccontextmanager
from pathlib import Path
from typing import AsyncIterator

这里首先导入了基础工具。from __future__ import annotations 用于延迟注解解析，Path 用于处理路径。asynccontextmanager 和 AsyncIterator 则与后面的 lifespan 机制有关，具体放在 4.4 再展开。

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from fastapi import FastAPI
from fastapi.middleware.cors import CORSMiddleware
from fastapi.responses import FileResponse, RedirectResponse

这里导入的是 FastAPI 应用装配相关能力。FastAPI 用于创建后端应用，CORSMiddleware 用于跨域配置，FileResponse 用于返回静态 HTML 或 PDF 文件，RedirectResponse 用于做路径跳转。

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try:
    from prometheus_fastapi_instrumentator import Instrumentator
except Exception:
    Instrumentator = None

这里是可选监控依赖的导入逻辑。如果当前环境安装了 prometheus_fastapi_instrumentator，后面就可以用它暴露 Prometheus metrics；如果没有安装，也不会影响主应用启动。

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from app.api.routes import router
from app.core.config import get_settings
from app.core.deps import close_cached_resources
from app.core.logging import setup_logging

这几行导入的是项目内部核心依赖。router 是 API 路由集合，get_settings 用于读取配置，close_cached_resources 用于应用关闭时释放缓存资源，setup_logging 用于初始化 JSON 日志。

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APP_DIR = Path(__file__).resolve().parent
STATIC_DIR = APP_DIR / "static"

settings = get_settings()
setup_logging(settings.log_level)

这里完成了入口文件的基础准备工作。APP_DIR 指向 app 目录，STATIC_DIR 指向 app/static 目录，后面 /v4 会从这里返回 index.html。settings = get_settings() 会读取环境变量和项目 .env，并确保运行时目录存在；setup_logging(settings.log_level) 则根据配置初始化日志。

4.2 FastAPI 应用创建#

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app = FastAPI(
    title=settings.app_name,
    version="0.1.0",
    description="Zotero paper research agent",
    lifespan=lifespan,
)

这段代码真正创建了 FastAPI 应用对象。title、version 和 description 会出现在 OpenAPI 文档和服务元信息中。这里的 title 来自 settings.app_name，说明应用名称由配置统一管理。lifespan=lifespan 则把应用生命周期函数注册给 FastAPI，使服务启动和关闭时可以执行自定义逻辑。

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if settings.cors_allow_origins:
    app.add_middleware(
        CORSMiddleware,
        allow_origins=list(settings.cors_allow_origins),
        allow_credentials=True,
        allow_methods=["GET", "POST"],
        allow_headers=["Authorization", "Content-Type", "X-API-Key"],
    )

创建应用之后，代码会根据配置决定是否启用 CORS。只有当 settings.cors_allow_origins 不为空时，才会添加 CORSMiddleware。这样可以避免默认放开跨域访问，同时在需要前后端分离或跨域调试时，通过环境变量显式配置允许访问的前端来源。

4.3 路由与静态页面挂载#

Python3 代码示例

1 lines

app.include_router(router, prefix="/api/v1")

这句把 app/api/routes.py 中定义的 API 路由统一挂载到 /api/v1 前缀下面。也就是说，路由文件里定义的 /v4/chat、/v4/health 等接口，最终会变成 /api/v1/chat、/api/v1/health。其中 /api/v1 是接口协议版本，/api/v1 为协议版本前缀。

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@app.get("/", include_in_schema=False)
def root() -> RedirectResponse:
    return RedirectResponse(url="/", status_code=307)

根路径 / 提供一个兜底跳转，用于本地直连或反向代理未单独配置首页时，直接返回前端页面（当前运行时版本）。在线上部署中，真实入口通常由域名和 Nginx 配置决定，例如 owen571.top 可以直接作为用户访问入口，所以这里不应该理解成项目唯一入口，而只是 FastAPI 内部的默认访问兜底。

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@app.get("/legacy", include_in_schema=False)
def ui_legacy() -> FileResponse:
    return FileResponse(
        STATIC_DIR / "index.html",
        headers={
            "Cache-Control": "no-store, no-cache, must-revalidate, max-age=0",
            "Pragma": "no-cache",
            "Expires": "0",
        },
    )


@app.get("/v5", include_in_schema=False)
def ui_index() -> FileResponse:
    return FileResponse(
        STATIC_DIR / "index.html",
        headers={
            "Cache-Control": "no-store, no-cache, must-revalidate, max-age=0",
            "Pragma": "no-cache",
            "Expires": "0",
        },
    )

/v4 和 /v5 返回的是同一个静态 HTML 页面，也就是 app/static/index.html。浏览器拿到这个页面后，会执行其中的 JavaScript，再去请求 /api/v1/chat/stream、/api/v1/library 等后端接口。这里设置 Cache-Control: no-store 是为了避免浏览器缓存旧版前端页面，方便前端持续迭代和线上刷新。两个路径并存是为了兼容不同版本的前端入口（/v4 和 /v5 指向同一个最新前端页面，当前运行时版本为 V5）。

4.4 lifespan 资源释放#

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@asynccontextmanager
async def lifespan(_: FastAPI) -> AsyncIterator[None]:
    try:
        yield
    finally:
        await close_cached_resources()

这里，asynccontextmanager 是一个装饰器，用来把带有 yield 的异步函数变成异步上下文管理器。它用一种简单的方式表达了应用启动时进入、应用运行中停在 yield、应用关闭时执行 finally。FastAPI 在实例化时接收 lifespan=lifespan，就能自动识别启动和关闭时要执行的逻辑。它近似做了这件事：

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cm = lifespan(app)

await cm.__aenter__()   # 执行 yield 前面的代码
try:
    await run_server()  # 应用运行中
finally:
    await cm.__aexit__()  # 继续执行 yield 后面和 finally

当前项目没有在启动阶段额外初始化重资源，所以直接 yield 提供服务。运行阶段由 FastAPI 处理各种请求；关闭阶段执行 finally，调用 close_cached_resources() 释放模型客户端、Retriever、HTTP 连接池等缓存资源。

4.5 Prometheus metrics#

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if Instrumentator is not None:
    Instrumentator(
        should_group_status_codes=True,
        should_ignore_untemplated=True,
    ).instrument(app).expose(app, include_in_schema=False, endpoint="/metrics")

如果 prometheus_fastapi_instrumentator 成功导入，应用就会暴露 /metrics 运维观测入口。Prometheus 会定时抓取这个接口并存储指标，Grafana 再读取 Prometheus 数据并画图。当前项目的基础 metrics 包括 HTTP 请求数、响应状态码、接口耗时、Python GC、进程内存、CPU 和文件描述符等。

Prometheus 监控面板

从监控面板上可以看出几类信息。流量方面，Chat Stream Request Rate = 0.00702 req/s，表示最近五分钟平均每秒请求数；HTTP Request Rate by Handler 中 /metrics 最高，这是因为 Prometheus 每 15 秒抓一次，1 / 15 = 0.0667 req/s。延迟方面，Chat Stream p95 Latency = 1s，表明 95% 的 /chat/stream 请求耗时不超过约 1 秒；不过这个指标来自 FastAPI HTTP 层，对于 SSE 流式接口来说，它不完全等价于用户感知的首 token 延迟。错误方面，5xx Error Rate = No data 通常表示最近没有出现 5xx 错误。资源方面，内存如果长期持续上涨不下降就要怀疑泄漏；CPU 当前很低，说明服务基本空闲；Open File Descriptors 也很低，说明没有明显连接泄漏或文件句柄泄漏。

5. API 路由#

API 路由层主要集中在 app/api/routes.py，负责把 FastAPI 的 HTTP 请求转换为对后端服务层和 Agent 层的调用。它通过 APIRouter 定义 /v4/* 系列接口，并在 main.py 中统一挂载到 /api/v1 前缀下。该层不直接实现复杂业务逻辑，而是负责参数接收、依赖注入、权限校验、异常转换、响应模型封装和 SSE 流式事件输出，是前端与后端核心能力之间的边界层。

这里，我们先用 app.schemas.api 中定义的一系列Schema，来规范返回的格式。

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from app.schemas.api import (
    AgentChatRequest,
    AgentChatResponse,
    AgentCitation,
    CitationPreviewResponse,
    HealthResponse,
    IngestRequest,
    IngestResponse,
    LibraryResponse,
    PaperPreviewResponse,
)

5.1 health#

health 是最简单的状态检查接口，用来判断后端服务是否已经正常启动，并让前端确认当前加载的是 V4 的新版运行时。

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@router.get("/v4/health", response_model=HealthResponse)
def health() -> HealthResponse:
    return HealthResponse()

这个接口没有请求参数，也不会触发 Agent、检索器或模型调用，只是直接返回一个 HealthResponse。由于 routes.py 中的路由会在 main.py 里统一挂载到 /api/v1 前缀下，所以它的真实访问路径是 /api/v1/health。前端启动时会请求这个接口，用返回值判断服务是否在线、当前 runtime 是否支持结构化摘要，以及后端暴露的 canonical tools 是否为 read_memory、search_corpus、web_search、query_library_metadata、compose、ask_human。

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class HealthResponse(BaseModel):
    status: str = "ok"
    runtime_profile: str = "structured-intent-react-loop"
    runtime_summary_supported: bool = True
    canonical_tools: list[str] = Field(
        default_factory=lambda: ["read_memory", "search_corpus", "web_search", "query_library_metadata", "compose", "ask_human"]
    )

5.2 library#

library 接口用于返回当前论文库的整体列表，是前端左侧 Zotero Corpus 侧栏的数据来源。

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@router.get("/v4/library", response_model=LibraryResponse)
def library(
    library_service: LibraryBrowserService = Depends(get_library_service),
) -> LibraryResponse:
    return LibraryResponse(**library_service.list_library())

这个接口通过 Depends(get_library_service) 获取 LibraryBrowserService 实例。Depends 是 FastAPI 的依赖注入机制，意思是请求进入这个接口时，FastAPI 会先调用 get_library_service()，把返回的服务对象传给 library_service 参数。真正读取论文库、整理分类、生成论文列表的逻辑不写在路由层，而是交给 library_service.list_library() 完成。

接口返回值被声明为 LibraryResponse，LibraryResponse 是论文库接口的最外层响应，表示"整个论文库浏览结果"。它里面有一个 categories，类型是 list[LibraryCategory]，表示按 Zotero collection、标签或"未分类"分组后的论文列表；还有一个 total_papers，表示当前论文库里去重后的论文总数。LibraryCategory 表示一个分类分组，name 是分类名，count 是这个分类下有多少篇论文，papers 是该分类下的论文列表。最里面的 LibraryPaper 是前端论文卡片需要的最小展示单元，包含 paper_id、title、authors、year、tags、categories、file_path、preview 等字段。

5.3 paper preview / pdf#

这一节对应两个论文预览相关接口：一个返回论文的结构化预览信息，另一个返回真实 PDF 文件。

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@router.get("/v4/library/papers/{paper_id}/preview", response_model=PaperPreviewResponse)
def paper_preview(
    paper_id: str,
    library_service: LibraryBrowserService = Depends(get_library_service),
) -> PaperPreviewResponse:
    payload = library_service.paper_preview(paper_id)
    if payload is None:
        raise HTTPException(status_code=404, detail="paper not found")
    return PaperPreviewResponse(**payload)

paper_preview 用于根据 paper_id 返回某篇论文的预览信息。这里的 paper_id 来自 URL 路径，例如 /api/v1/library/papers/xxx/preview。路由层会调用 library_service.paper_preview(paper_id)，如果找不到对应论文，就抛出 404 paper not found；如果找到，就包装成 PaperPreviewResponse 返回。这个响应里包含论文基础信息和若干证据片段，供前端右侧 Preview 面板展示。

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@router.get("/v4/library/papers/{paper_id}/pdf")
def paper_pdf(
    paper_id: str,
    _: None = Depends(require_pdf_access),
    library_service: LibraryBrowserService = Depends(get_library_service),
) -> FileResponse:
    path = library_service.pdf_path(paper_id)
    if path is None:
        raise HTTPException(status_code=404, detail="pdf not found")
    return FileResponse(path, media_type="application/pdf", filename=path.name, content_disposition_type="inline")

paper_pdf 用于返回某篇论文的 PDF 文件。这个接口比 preview 更敏感，因为它会直接把 Zotero 本地 PDF 文件发给浏览器，所以这里增加了 Depends(require_pdf_access) 做访问控制。library_service.pdf_path(paper_id) 会解析并校验 PDF 路径，如果文件不存在、不是 PDF，或者不在允许的 Zotero 路径范围内，就返回 None，接口再抛出 404 pdf not found。成功时，FileResponse 会以 application/pdf 类型返回文件，并通过 content_disposition_type="inline" 让浏览器尽量以内嵌预览方式打开，而不是直接下载。

5.4 citation preview#

citation preview 用于根据回答中的引用信息，反查对应的证据片段，给前端的引用预览面板使用。

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@router.get("/v4/citations/preview", response_model=CitationPreviewResponse)
def citation_preview(
    doc_id: str = Query(default=""),
    paper_id: str = Query(default=""),
    library_service: LibraryBrowserService = Depends(get_library_service),
) -> CitationPreviewResponse:
    payload = library_service.citation_preview(doc_id=doc_id, paper_id=paper_id)
    if payload is None:
        raise HTTPException(status_code=404, detail="citation evidence not found")
    return CitationPreviewResponse(**payload)

这个接口和前面的论文预览不同，它不是按路径参数接收 paper_id，而是通过 query 参数接收 doc_id 和 paper_id，真实访问形式类似 /api/v1/citations/preview?doc_id=xxx&paper_id=yyy。其中 doc_id 更精确，指向某一个 evidence block；paper_id 更粗，指向某一篇论文。服务层会优先用 doc_id 找 block 级证据，如果找不到，再尝试用 paper_id 找论文级信息。

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11 lines 展开代码

class CitationPreviewResponse(BaseModel):
    paper_id: str = ""
    doc_id: str = ""
    title: str = ""
    authors: str = ""
    year: str = ""
    file_path: str = ""
    page: int = 0
    block_type: str = ""
    caption: str = ""
    snippet: str = ""

返回结果里既包含论文元信息，也包含页码、块类型、图注和证据片段。这样前端在用户点击回答里的引用时，不需要重新跑 Agent，也不需要重新检索，只要拿着引用里的 doc_id 或 paper_id 调这个接口，就能展示对应来源。换句话说，citation preview 是"回答引用"到"原始证据"的轻量跳转接口，它主要服务于可追踪性和结果校验。

5.5 ingest rebuild#

ingest rebuild 是索引重建接口，用来把 Zotero 论文库重新抽取、切块、入库，并更新本地检索索引。

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@router.post("/v4/ingest/rebuild", response_model=IngestResponse)
def ingest_rebuild(
    payload: IngestRequest,
    _: None = Depends(require_admin_access),
    ingestion_service: IngestionService = Depends(get_ingestion_service),
) -> IngestResponse:
    try:
        stats = ingestion_service.rebuild(max_papers=payload.max_papers, force_rebuild=payload.force_rebuild)
        get_retriever().refresh()
    except Exception as exc:
        logger.exception("v4 ingest rebuild failed")
        raise HTTPException(status_code=500, detail="ingest rebuild failed") from exc
    return IngestResponse(message="v4 ingestion completed", **stats.to_dict())

这个接口是 POST 请求，因为它会改变系统状态。它不是给普通用户频繁点击的问答接口，而是管理员在新增论文、修改 Zotero 库、重建向量索引时使用的维护接口。所以参数中有 Depends(require_admin_access)，请求必须带正确的 admin API key，否则会返回 401；如果服务端没有配置 ADMIN_API_KEY，则会返回 503，避免危险接口在无保护状态下暴露。

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13 lines 展开代码

class IngestRequest(BaseModel):
    force_rebuild: bool = True
    max_papers: int | None = Field(default=None, ge=1)

class IngestResponse(BaseModel):
    message: str
    paper_records: int = 0
    papers_indexed: int = 0
    papers_missing_pdf: int = 0
    block_docs: int = 0
    paper_docs: int = 0
    vectors_upserted: int = 0
    papers_with_generated_summary: int = 0

max_papers 用于限制本次最多处理多少篇论文，适合调试或小规模验证；force_rebuild 会传给向量索引层，如果为 true，会重建 Milvus collection 后再写入向量。返回值里的 paper_records 表示从 Zotero 读取到的记录数，papers_indexed 表示成功完成 PDF 抽取并入库的论文数，papers_missing_pdf 表示 Zotero 里有记录但本地 PDF 缺失的数量，paper_docs 是论文级索引文档数，block_docs 是 PDF 页面、段落、表格、图注等证据块文档数，vectors_upserted 是写入 Milvus 的向量数量。

它的完整链路是：路由层接收请求并校验管理员权限，IngestionService.rebuild() 读取 Zotero 记录，调用 PDF 抽取器解析页面内容，生成 paper card 和 block documents，写入 papers.jsonl、blocks.jsonl 和 ingestion state；如果配置了 embedding 所需的 API key，还会把论文级文档和证据块文档写入 Milvus。最后，路由层调用 get_retriever().refresh()，让正在运行的服务重新加载本地 JSONL 和 BM25 索引，这样重建完成后前端查询可以立即使用新论文库。

5.6 chat / stream chat#

chat 和 chat/stream 是前端真正发起论文问答的两个入口。它们使用同一个请求模型 AgentChatRequest，区别在于返回方式不同：chat 等 Agent 全部运行结束后一次性返回完整 JSON；chat/stream 则通过 SSE 把运行事件和回答增量实时推给前端。

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7 lines 展开代码

class AgentChatRequest(BaseModel):
    query: str = Field(min_length=1)
    session_id: str | None = None
    mode: str = "auto"
    use_web_search: bool = False
    max_web_results: int = Field(default=3, ge=1, le=10)
    clarification_choice: dict[str, Any] | None = None

这里的 query 是用户输入的问题，session_id 用于延续多轮对话，mode 默认为 auto，让 Agent 自己判断是普通对话还是研究任务。use_web_search 控制是否允许补充 Web Search，max_web_results 限制网页搜索数量，clarification_choice 用于处理上一轮 Agent 反问用户后的选择结果。

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17 lines 展开代码

@router.post("/v4/chat", response_model=AgentChatResponse)
async def agent_chat_v4(
    payload: AgentChatRequest,
    agent: ResearchAssistantAgent = Depends(get_agent),
) -> AgentChatResponse:
    try:
        result = await agent.achat(
            query=payload.query,
            session_id=payload.session_id,
            mode=payload.mode,
            use_web_search=payload.use_web_search,
            max_web_results=payload.max_web_results,
            clarification_choice=payload.clarification_choice,
        )
    except Exception as exc:
        logger.exception("v4 chat failed")
        raise HTTPException(status_code=500, detail="chat failed") from exc

普通 chat 接口通过 Depends(get_agent) 拿到全局缓存的 ResearchAssistantAgent，然后调用 agent.achat()。虽然路由函数是 async，但 Agent 内部主要是同步的检索、规划和模型调用，所以 achat() 实际上会用 asyncio.to_thread() 把同步 chat() 放到线程里执行，避免长时间阻塞 FastAPI 的事件循环。接口如果执行失败，会记录异常日志，并统一返回 500 chat failed。

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15 lines 展开代码

citation_models = [AgentCitation(**item) for item in result.get("citations", [])]
return AgentChatResponse(
    session_id=str(result.get("session_id", "")),
    interaction_mode=str(result.get("interaction_mode", "")),
    answer=str(result.get("answer", "")),
    citations=citation_models,
    query_contract=dict(result.get("query_contract", {})),
    research_plan_summary=dict(result.get("research_plan_summary", {})),
    runtime_summary=dict(result.get("runtime_summary", {})),
    execution_steps=list(result.get("execution_steps", [])),
    verification_report=dict(result.get("verification_report", {})),
    needs_human=bool(result.get("needs_human", False)),
    clarification_question=str(result.get("clarification_question", "")),
    clarification_options=list(result.get("clarification_options", [])),
)

这里可以看到，chat 的返回不只是最终答案，还包括引用、结构化意图、研究计划摘要、运行时摘要、执行步骤、验证报告和澄清信息。因此它更像是一次完整 Agent 运行结果的快照，适合调试、测试或不需要实时流式展示的调用场景。

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20 lines 展开代码

@router.post("/v4/chat/stream")
async def agent_chat_v4_stream(
    payload: AgentChatRequest,
    agent: ResearchAssistantAgent = Depends(get_agent),
) -> StreamingResponse:
    async def event_stream() -> object:
        try:
            async for item in agent.astream_chat_events(
                query=payload.query,
                session_id=payload.session_id,
                mode=payload.mode,
                use_web_search=payload.use_web_search,
                max_web_results=payload.max_web_results,
                clarification_choice=payload.clarification_choice,
            ):
                yield _format_sse(str(item.get("event", "message")), item.get("data", {}))
        except Exception as exc:
            logger.exception("v4 stream failed")
            for event, data in _stream_error_events(exc):
                yield _format_sse(event, data)

chat/stream 是前端主要使用的接口。它没有声明 response_model，因为它返回的不是一个普通 JSON，而是一条持续输出的事件流。event_stream() 是一个异步生成器，会不断从 agent.astream_chat_events() 里拿事件，再用 _format_sse() 转成 SSE 格式。SSE 的基本格式是 event: 事件名 加 data: JSON字符串，中间用空行分隔，浏览器可以边接收边渲染。

Python3 代码示例

2 lines

def _format_sse(event: str, data: object) -> str:
    return f"event: {event}\ndata: {json.dumps(data, ensure_ascii=False)}\n\n"

Agent 在运行过程中会不断产生 session、contract、agent_plan、plan、observation、agent_step、thinking_delta、tool_call、candidate_papers、screened_papers、evidence、solver_selection、claims、verification、reflection、confidence、answer_delta、final 等事件。前端收到这些事件后，就能实时更新 Runtime 面板、引用列表和回答正文。最新的 LLM-judge 候选消歧也会通过 observation 暴露出来，例如 summary=options=4, judge=auto_resolve, confidence=0.95。相比普通 chat，chat/stream 的价值在于可观察性更强，用户不用等完整答案生成完，前端也能展示 Agent 正在理解问题、调用工具、检索证据、消解候选并组合答案的过程。

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9 lines 展开代码

return StreamingResponse(
    event_stream(),
    media_type="text/event-stream",
    headers={
        "Cache-Control": "no-cache",
        "Connection": "keep-alive",
        "X-Accel-Buffering": "no",
    },
)

最后返回的 StreamingResponse 指定了 text/event-stream，这是 SSE 的标准媒体类型。Cache-Control: no-cache 避免中间层缓存流式结果，Connection: keep-alive 保持连接不断开，X-Accel-Buffering: no 则是给 Nginx 的提示，避免反向代理把事件攒在一起后再一次性返回。这个接口本质上就是把 Agent 内部运行轨迹包装成浏览器可以消费的实时事件流。

流式返回的总链路：用户点击发送 -> fetch POST /api/v1/chat/stream -> FastAPI StreamingResponse 打开长连接 -> Agent 在线程里执行 run_agent_chat_turn() -> 执行过程中 emit_event(item) 把事件放入 asyncio.Queue -> astream_chat_events() 从 queue 取事件并 yield -> routes.py 转成 SSE 文本 -> 浏览器 reader.read() 持续读取 -> parseSse() 解析 event/data -> answer_delta 追加回答，final 收尾

5.7 动态工具提案管理 API#

这是一组管理员接口，用于管理动态注册的 Agent 工具提案，支持从提案创建、沙盒测试到正式启用的完整生命周期。

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7 lines 展开代码

@router.get("/v4/admin/tools/proposals")
def admin_list_tool_proposals(
    include_code: bool = Query(default=False),
    _: None = Depends(require_admin_access),
    settings: Settings = Depends(get_settings),
) -> dict[str, object]:
    return {"items": list_tool_proposals(data_dir=settings.data_dir, include_code=include_code)}

GET /api/v1/admin/tools/proposals 列出所有工具提案，可选参数 include_code 控制是否返回提案中的 Python 代码。

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3 lines 展开代码

@router.get("/v4/admin/tools/proposals/{proposal_id}")
def admin_get_tool_proposal(proposal_id: str, ...) -> dict[str, object]:
    return load_tool_proposal(data_dir=settings.data_dir, proposal_id=proposal_id, include_code=include_code)

GET /api/v1/admin/tools/proposals/{proposal_id} 获取单个工具提案的完整内容，包括代码和元信息。

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8 lines 展开代码

@router.post("/v4/admin/tools/proposals/{proposal_id}/sandbox")
def admin_run_tool_proposal_sandbox(proposal_id: str, payload: ToolProposalSandboxRequest, ...):
    return run_tool_proposal_sandbox(
        proposal_path=proposal_path,
        args=payload.args,
        timeout_seconds=payload.timeout_seconds,
        memory_limit_mb=payload.memory_limit_mb,
    )

POST /api/v1/admin/tools/proposals/{proposal_id}/sandbox 在沙盒环境中执行工具提案代码，验证其功能是否正常。ToolProposalSandboxRequest 包含 args（工具参数）、timeout_seconds（超时限制，最大 30s）和 memory_limit_mb（内存限制，64-2048 MB）。

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10 lines 展开代码

@router.post("/v4/admin/tools/proposals/{proposal_id}/status")
def admin_transition_tool_proposal_status(proposal_id: str, payload: ToolProposalTransitionRequest, ...):
    return transition_tool_proposal_status(
        proposal_path=proposal_path,
        next_status=payload.next_status,
        code_sha256=payload.code_sha256,
        reviewer=payload.reviewer,
        note=payload.note,
        sandbox_report=payload.sandbox_report,
    )

POST /api/v1/admin/tools/proposals/{proposal_id}/status 切换工具提案的状态（如 draft → sandboxed → active 或 deprecated）。ToolProposalTransitionRequest 包含 next_status（下一状态）、code_sha256（代码哈希用于校验完整性）、reviewer（审核人）、note（备注）和 sandbox_report（沙盒测试报告）。

所有工具提案接口都需要通过 require_admin_access 校验管理员身份，与 ingest rebuild 一样的安全控制。

6. 数据模型#

6.1 API schema#

app.schemas.api 里的 BaseModel 负责规定前端和后端之间的数据格式。它们更像 HTTP 边界上的"合同"：前端传进来的请求必须满足请求 schema，后端返回给前端的数据也要满足响应 schema。比如 AgentChatRequest 约束了 query 不能为空，max_web_results 必须在 1 到 10 之间；AgentChatResponse 则规定了一次问答最终要返回 answer、citations、query_contract、runtime_summary、verification_report 和澄清相关字段。

如果请求不满足 schema，FastAPI 会在进入路由函数之前返回 422。如果后端构造出来的响应不满足 response_model 或手动实例化的 Pydantic schema，就说明后端实现违反了自己的接口合同，通常会变成服务端异常。也就是说，API schema 的价值不只是"写注解"，而是把前后端交互格式固定下来，让错误尽早暴露。

6.2 domain models#

这是更靠近 Agent 内部推理的数据结构，比如 QueryContract、SessionContext、ResearchPlan、CandidatePaper、DisambiguationJudgeDecision、EvidenceBlock、Claim、VerificationReport、AssistantCitation、AssistantResponse 等。它们不是给前端页面直接展示用的，而是 Agent 在理解问题、规划检索、筛选论文、消解歧义、抽取证据、生成 claim、做 grounding 校验和组织最终答案时使用的内部协议。

用一句话概括：API schema 是后端对前端说话的格式，domain models 是 Agent 内部思考和协作的格式。没有这些结构，系统就会退化成到处传 dict，每个模块都靠记忆猜字段名，很容易出现 target、targets、paper_titles、active_titles 混用的问题。

当前研究链路可以概括为：

1
用户问题
2
-> AgentChatRequest：API 接收用户请求
3
-> QueryContract：把自然语言问题变成结构化研究意图
4
-> ResearchPlan：决定召回方式、证据数量和 solver 顺序
5
-> CandidatePaper：论文级候选
6
-> DisambiguationJudgeDecision：在候选有歧义时判断是否可自动绑定
7
-> EvidenceBlock：具体证据块
8
-> Claim：基于证据提炼出的结论
9
-> VerificationReport：检查 claim 是否被证据支持，是否需要 retry 或澄清
10
-> AssistantResponse：最终回答、引用、运行摘要和澄清信息
11
-> SessionContext / SessionTurn：把本轮研究写入多轮记忆

6.3 QueryContract#

QueryContract 是用户问题进入 Agent 后最关键的结构化意图对象。它把一句自然语言问题拆成后续模块可以执行的字段，例如 relation 表示问题类型，targets 表示目标实体或论文，requested_fields 表示需要回答哪些信息，required_modalities 表示需要什么证据类型，answer_shape 表示答案形态，precision_requirement 表示精确度要求。

以最新真实 trace 中的 DPO 查询为例，用户输入是 帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式，系统得到的核心 contract 是：

1
{
2
  "clean_query": "帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式",
3
  "interaction_mode": "research",
4
  "relation": "formula_lookup",
5
  "targets": ["DPO"],
6
  "answer_slots": ["formula"],
7
  "requested_fields": ["formula", "variable_explanation", "source"],
8
  "required_modalities": ["page_text", "table"],
9
  "answer_shape": "bullets",
10
  "precision_requirement": "exact",
11
  "continuation_mode": "fresh",
12
  "allow_web_search": false
13
}

这里的 relation=formula_lookup 决定了后续会走公式相关的检索和 solver；requested_fields 要求答案必须包含公式、变量解释和来源；precision_requirement=exact 表示系统不能只给概念性总结，而要尽量找到原文中的数学表达式。

notes 是 QueryContract 里的扩展记录区，用于保存结构化意图之外的运行痕迹。最新 LLM-judge 自动消歧后，真实 notes 中会出现 auto_resolved_by_llm_judge、selected_paper_id=S6H9FE28、disambiguation_judge_confidence=0.950 和 disambiguation_judge_reason=...，说明系统不是让用户手动选择，而是在高置信度条件下自动绑定到了 DPO 原论文。

6.4 SessionContext#

SessionContext 负责保存多轮对话状态。它包含当前会话的 session_id、最近研究主题、active research、历史 turn、工作记忆和 pending clarification 等信息。比如用户上一轮刚问过 DPO，下一轮追问"那这个公式里的 beta 是什么"，系统就需要通过 SessionContext 知道"这个公式"指的是 DPO 论文中的公式，而不是重新把问题当成一个全新任务。

这个模型里有一些 legacy 字段，例如 active_targets、active_titles、active_research_relation 等，同时也有新的 active_research 对象。sync_active_research_compatibility() 的作用就是在旧字段和新结构之间做兼容同步，这是项目多次重构后留下的真实工程痕迹。

在旧机制里，DPO 歧义会写入 pending_clarification_options，然后等待用户下一轮选择。现在加入 LLM-judge 后，如果 judge 给出高置信度自动绑定，系统就不会进入 needs_human=true；如果 judge 不够确定，仍然会保留人工澄清路径，并把推荐候选标记为 judge_recommended。

6.5 ResearchPlan#

ResearchPlan 是 Agent 对"怎么查"的计划。它不关心最终回答怎么写，而是规定论文召回模式、候选数量、证据数量、solver 顺序和 retry 预算。

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7 lines 展开代码

class ResearchPlan(BaseModel):
    paper_recall_mode: Literal["anchor_first", "broad", "broad_then_anchor"] = "broad"
    paper_limit: int = 6
    evidence_limit: int = 14
    solver_sequence: list[str] = Field(default_factory=list)
    required_claims: list[str] = Field(default_factory=list)
    retry_budget: int = 1

DPO 公式查询的真实计划是 paper_recall_mode=anchor_first、paper_limit=6、evidence_limit=24、solver_sequence=["formula_solver", "table_solver"]、required_claims=["formula", "variable_explanation"]。这说明系统会先围绕 DPO 这个 anchor 找论文，再在选中论文里扩展更多公式/表格相关证据。

6.6 CandidatePaper / DisambiguationJudgeDecision#

CandidatePaper 是论文级候选，表示"系统认为可能相关的一篇论文"。它包含 paper_id、title、year、score、match_reason、anchor_terms、doc_ids 和原始 metadata。对于 DPO 这类缩写问题，单纯召回候选还不够，因为本地库里可能有很多论文都提到了 DPO。

最新加入的 DisambiguationJudgeDecision 就是为了解决这个问题。它是 LLM-judge 的结构化输出：

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11 lines 展开代码

class DisambiguationRejectedOption(BaseModel):
    option_id: str = ""
    reason: str = ""

class DisambiguationJudgeDecision(BaseModel):
    decision: Literal["auto_resolve", "ask_human"] = "ask_human"
    selected_option_id: str | None = None
    selected_paper_id: str | None = None
    confidence: float = Field(default=0.0, ge=0.0, le=1.0)
    reason: str = ""
    rejected_options: list[DisambiguationRejectedOption] = Field(default_factory=list)

这一步发生在 _agent_solve_claims() 中。系统先根据 evidence 生成多个 ambiguity options，再调用 _judge_disambiguation_options()，让模型根据用户 query、QueryContract、候选 title、snippet、paper summary 和 ranking signals 判断哪个候选最符合用户真实意图。

这里有两个阈值很重要：DISAMBIGUATION_AUTO_RESOLVE_THRESHOLD = 0.85，只有 judge 决策为 auto_resolve 且置信度不低于 0.85，系统才会自动绑定候选；DISAMBIGUATION_RECOMMEND_THRESHOLD = 0.65，如果置信度在推荐区间，系统只会把候选置顶并标记 judge_recommended，仍然让用户确认。这样既减少了显然可判断场景下的打断，也保留了低置信度情况下的人工兜底。

6.7 Evidence / Claim / Verification / Citation#

EvidenceBlock 是证据块，负责保存证据来自哪篇论文、哪一页、哪种 block、具体片段是什么。它让回答可以追溯到 PDF 页面，也让 citation preview 和 PDF preview 有了可定位的信息。

Claim 是从 evidence 中抽取出来的结论单元。比如公式查询中，claim 会保存公式文本、变量解释、证据 ids、paper ids 和置信度。这样答案生成不是直接从一堆文本片段自由发挥，而是先形成可检查的结构化结论。

VerificationReport 是 grounding 校验结果。它用 status=pass|retry|clarify 表示当前 claim 是否足够可靠，missing_fields 表示缺什么，unsupported_claims 表示哪些结论没有证据支持，recommended_action 表示下一步应该 retry、澄清还是继续回答。

AssistantCitation 和 AssistantResponse 是 Agent 内部最终返回对象。AssistantResponse 里不只有 answer，还包括 citations、query_contract、research_plan_summary、runtime_summary、execution_steps、verification_report、needs_human 和澄清字段。API 层随后再把它包装成 AgentChatResponse 返回给前端。

6.8 真实流转案例#

以下是 2026-05-02 的真实 DPO 公式查询 SSE 流式 trace，完整原始文件保存在 docs/dpo_real_trace_20260502.txt。请求：

1
{
2
  "query": "帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式",
3
  "mode": "auto",
4
  "use_web_search": false,
5
  "max_web_results": 3,
6
  "session_id": "dpo-real-trace-20260502-010824"
7
}

本次流式响应共 60 个 SSE 事件，事件类型分布：answer_delta: 21, observation: 10, thinking_delta: 6, tool_call: 5, agent_step: 3, screened_papers: 2, evidence: 2, 以及 session, contract, agent_plan, plan, candidate_papers, solver_selection, claims, reflection, verification, confidence, final 各 1 个。

关键事件快照：

[event #1] session — 生成 session_id=dpo-real-trace-20260502-010824

[event #2] contract — LLMIntentRouter 输出的结构化意图：

1
{
2
  "clean_query": "帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式",
3
  "interaction_mode": "research",
4
  "relation": "formula_lookup",
5
  "targets": ["DPO", "Direct Preference Optimization"],
6
  "answer_slots": ["formula"],
7
  "requested_fields": ["formula", "variable_explanation", "source"],
8
  "required_modalities": ["page_text", "table"],
9
  "answer_shape": "bullets",
10
  "precision_requirement": "exact",
11
  "continuation_mode": "fresh",
12
  "allow_web_search": false,
13
  "notes": ["structured_intent", "llm_tool_router", "intent_confidence=0.90",
14
            "router_action=need_corpus_search", "router_confidence=0.90", ...]
15
}

[event #3] agent_plan — AgentPlanner 的初始计划：

1
{
2
  "thought": "Use tools through the agent loop, observe the result, then compose or ask for clarification.",
3
  "actions": ["search_corpus"],
4
  "tool_call_args": [{"name": "search_corpus", "args": {"query": "DPO Direct Preference Optimization core formula...", "scope": "auto", "top_k": 8}}]
5
}

[event #4] plan — ResearchPlan：

1
{"paper_recall_mode": "anchor_first", "paper_limit": 6, "evidence_limit": 24,
2
 "solver_sequence": ["formula_solver"], "required_claims": ["formula", "variable_explanation"], "retry_budget": 1}

[tool loop] 执行序列共 15 个 execution steps：

query_contract_extractor → formula_lookup
agent_planner → search_corpus
agent_tool:build_research_plan → formula_solver（内置工具，不暴露给 LLM planner）
agent_loop → search_corpus
agent_tool:search_corpus → candidates=6, selected=1
agent_tool:search_corpus → evidence=6（第一轮证据块）
agent_tool:search_corpus → papers=1, evidence=6（筛选后）
agent_tool:read_memory → turns=0（检查会话历史）
agent_tool:compose → options=4, judge=auto_resolve, confidence=0.95
agent_tool:compose → claim_solver=deterministic
agent_tool:compose → claims=1
agent_tool:verify_claim → pass
agent_tool:compose → pass
agent_reflection → pass
agent_tool:verify_claim → pass

[LLM-judge 消歧] 第 9 步 observation 事件中的真实决策：

1
{
2
  "tool": "compose",
3
  "summary": "options=4, judge=auto_resolve, confidence=0.95",
4
  "payload": {
5
    "judge_decision": {
6
      "decision": "auto_resolve",
7
      "selected_option_id": "acronym-meaning-dpo-...",
8
      "selected_paper_id": "S6H9FE28",
9
      "confidence": 0.95,
10
      "reason": "The query explicitly asks for the core formula of 'DPO,' and the candidate titled 'Direct Preference Optimization: Your Language Model is Secretly a Reward Model' directly defines and originates the concept of DPO."
11
    }
12
  }
13
}

[event #60] final — 最终答案：

interaction_mode: research
answer: 574 字符，含 LaTeX 公式 $\mathcal{L}_{\mathrm{DPO}} = -\log \sigma\left( \beta \log \frac{\pi_{\theta}(y_w|x)}{\pi_{\mathrm{ref}}(y_w|x)} - \beta \log \frac{\pi_{\theta}(y_l|x)}{\pi_{\mathrm{ref}}(y_l|x)} \right)$ 及变量解释
citations: 2 条（均来自 paper S6H9FE28，page 4）
verification_report.status: pass
needs_human: false
claim_sources: {"deterministic_formula_solver": 1}

本次 trace 反映的链路口径：Intent Router（tool-calling LLM）→ Contract → Agent Plan（LLM planner）→ Research Plan（内置 resolver）→ Tool Loop（search_corpus → read_memory → compose/消歧 → compose/solver → verify_claim → reflection）→ Final。相比旧版，新 trace 新增了 solver_selection、confidence、reflection、thinking_delta、agent_step 事件类型，工具验证使用 verify_claim 替代了旧版 verify_grounding，增加了 read_memory 工具在检索前检查会话历史。

7. 服务层拆解#

服务层是整个项目最容易被深入追问的部分，因为它决定了这个系统是不是只是在"套一个聊天壳"，还是确实把论文库读取、PDF 抽取、索引构建、向量嵌入、混合检索、会话记忆和模型调用这些底层能力设计清楚了。API 层只是入口，Agent 层负责调度，真正支撑论文问答质量和效率的是服务层。

从职责上看，服务层可以分成三条主线。第一条是离线入库链路：ZoteroSQLiteReader 读取 Zotero 元信息，PDFExtractor 抽取 PDF 页面文本、表格、图像和图注，IngestionService 生成 paper docs 和 block docs，并写入 JSONL 与 Milvus。第二条是在线检索链路：DualIndexRetriever 加载本地 paper/block 文档，使用 Milvus Dense 检索为主（BM25/Title Anchor 可选），先找候选论文，再找证据块。第三条是运行支撑链路：SessionStore 负责多轮会话持久化，ModelClients 统一封装 LLM/VLM/Embedding 调用，WebSearch 在本地语料不足时提供外部补充。

7.0 服务层设计总览#

这个项目的核心嵌入结构不是"把所有 PDF 切块后一起扔进向量库"，而是采用 paper index 和 block index 两级索引。paper index 面向论文级召回，保存的是 paper card，里面包含 title、aliases、authors、year、tags、abstract_or_summary 和 top_evidence_hints；block index 面向证据级召回，保存的是从 PDF 中抽出来的 page_text、table、figure、caption 等块，并保留 page、block_type、caption、bbox、formula_hint、paper_id、doc_id 等 metadata。

这样设计是为了解决普通 PDF RAG 的两个问题。第一，如果直接在所有 PDF chunks 里检索，召回空间太大，噪声高，容易找到同名概念但不是目标论文的片段。第二，如果只做论文级检索，虽然能找到论文，但回答公式、指标、图表、实验结果时没有足够细的证据。两级索引的思路是先用 paper index 找"哪几篇论文可能相关"，再用 block index 在这些论文内部找"哪几个证据块可以支撑答案"。

检索效果上，系统默认使用 Milvus Dense 向量检索作为主召回路径。BM25 适合处理标题、缩写、公式 token、作者名、年份这类精确匹配，保留为可选模块（接入 jieba 中文分词后 Hit@1 从 0.176 恢复到 0.748）。对于 DPO、PPO、PBA 这类缩写和公式问题，系统还会利用 title anchor、relation anchor、formula token weights、target terms、block_type 和 formula_hint 做额外加权，避免向量相似度把语义相关但不是目标论文的内容排到前面。

其中 relation anchor 是最近从 stub 补完为完整实现的四路之一。它的设计思路是：如果用户明确提到了某个概念/方法名，那与已匹配论文共享标签、缩写词、作者或 Zotero 分类的其他论文也很可能相关——即使这些论文的标题里不含 query term。实现上，先由 title_anchor 确定锚点论文并提取其"关系指纹"（tags、aliases、body_acronyms、authors、collection paths），再遍历全库论文按共享信号数量打分排序。Zotero 分类路径从 SQLite 的 collections/collectionItems 表实时加载，缓存为内存字典；若 DB 不可用则自动降级，跳过 collection 信号。

检索效率上，系统把重活尽量放在离线入库阶段。PDF 抽取、文本切块、summary 生成、embedding upsert 都在 ingest rebuild 时完成；在线请求只加载已经持久化的 papers.jsonl、blocks.jsonl 和 Milvus collection。DualIndexRetriever 被依赖注入缓存成长期对象，启动后构建 BM25，后续请求复用；重建索引后再调用 refresh() 重新加载本地 JSONL 和 BM25。向量入库使用 batch upsert、retry 和 fallback embedding model，避免一次失败导致整个入库不可用。

7.1 Zotero 读取#

Zotero 论文库的元信息全部来自 Zotero 本地的 zotero.sqlite 数据库。ZoteroSQLiteReader（app/services/library/zotero_sqlite.py）是这个数据的唯一入口，负责读取论文记录、解析附件路径、构建 paper card 所需的 title/author/year/tags/abstract/collection 等字段。

核心读取方法是 read_records()，它会查询 Zotero SQLite 中的 items、collections、creators、itemAttachments、itemNotes 等表，按 itemType 筛选出期刊论文、会议论文、学位论文、书籍章节等类型，并组装成 PaperRecord 数据结构：

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class PaperRecord:
    parent_item_id: int
    attachment_item_id: int
    attachment_key: str       # Zotero attachment key，用作 paper_id
    item_type: str            # 如 "journalArticle", "conferencePaper"
    title: str
    authors: list[str]
    year: str
    tags: list[str]
    abstract_note: str
    source_url: str
    website_title: str
    file_path: str            # 解析后的本地 PDF 绝对路径
    file_exists: bool         # PDF 是否实际存在

附件的 PDF 路径解析是 reader 的核心——通过 ATTACHMENT_SQL 查询 itemAttachments 表，利用 parentItemID 关联父条目、contentType='application/pdf' 过滤 PDF 文件：

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ATTACHMENT_SQL = """
SELECT
    ia.parentItemID AS parent_item_id,
    ia.itemID AS attachment_item_id,
    ia.path AS attachment_path,
    ia.contentType AS content_type,
    parent.key AS parent_key,
    attachment.key AS attachment_key,
    parent_type.typeName AS parent_item_type
FROM itemAttachments ia
JOIN items parent ON parent.itemID = ia.parentItemID
JOIN items attachment ON attachment.itemID = ia.itemID
JOIN itemTypes parent_type ON parent_type.itemTypeID = parent.itemTypeID
WHERE ia.parentItemID IS NOT NULL
  AND ia.path IS NOT NULL
  AND lower(ia.contentType) = 'application/pdf'
ORDER BY ia.parentItemID
"""

Zotero SQLite 的 schema 中，items 和 collections 通过 collectionItems 做多对多映射，creators 通过 itemCreators 关联（creatorData 和 creators 表有两个查询路径），附件通过 itemAttachments.parentItemID 关联到父条目的 itemID（注意 Zotero 用 itemID 而非 id）。ZoteroSQLiteReader 封装了这些查询细节，上层模块不需要直接写 SQL。

read_attachment_collection_paths() 方法专门为前端侧栏服务，返回 {attachment_key: [collection_path, ...]} 映射，在 LibraryBrowserService.list_library() 中被用来按 collection 分组展示论文库。

7.2 PDF 抽取#

PDF 抽取由 PDFExtractor（app/services/retrieval/pdf_extractor.py）完成。它基于 pypdf 提取页面文本，并通过启发式信号识别页面中的表格、图表、扫描页等特殊区域。

核心数据结构是三个 dataclass：

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TABLE_LIKE_THRESHOLD = 2.5
FIGURE_LIKE_THRESHOLD = 2.5
SCANNED_LIKE_THRESHOLD = 2.0
MAX_HI_RES_PAGES_PER_DOC = 6

@dataclass(slots=True)
class PageSignals:
    caption_anchor_count: int = 0        # "Table 1", "Fig. 2", "表 1", "图 2"
    table_anchor_count: int = 0
    figure_anchor_count: int = 0
    numeric_density: float = 0.0         # 数值 token 占比
    short_line_ratio: float = 0.0        # 短行比例
    avg_tokens_per_line: float = 0.0
    separator_pattern_score: float = 0.0 # 表格分隔符模式
    text_chars: int = 0
    image_object_count: int = 0
    table_like_score: float = 0.0
    figure_like_score: float = 0.0
    scanned_like_score: float = 0.0
    selected_reasons: tuple[str, ...] = ()

@dataclass(slots=True)
class ExtractedBlock:
    page: int
    block_type: str          # "page_text", "table", "figure", "caption"
    text: str
    bbox: tuple[float, float, float, float] | None = None
    caption: str = ""
    source_parser: str = "hi_res"

@dataclass(slots=True)
class ExtractedPage:
    page: int
    text: str
    blocks: list[ExtractedBlock] = field(default_factory=list)
    signals: PageSignals = field(default_factory=PageSignals)
    selected_for_hi_res: bool = False

抽取流程分两步：先用 pypdf.PdfReader 逐页提取文本并计算 PageSignals，再用这些信号分类每个页面。PDFExtractor.extract_pages() 的主流程：

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def extract_pages(self, pdf_path: Path) -> list[ExtractedPage]:
    reader = PdfReader(str(pdf_path))
    pages = self._extract_pages_with_pypdf(reader)          # Step 1: 文本 + 信号
    selected_pages = self._select_hi_res_pages(pages)        # 选出前 N 页做高分辨率
    if selected_pages and self.prefer_unstructured:
        hi_res_blocks = self._extract_selected_hi_res_blocks(pdf_path, reader, selected_pages)
        for page in pages:                                   # Step 2: 合并 hi_res 块
            page.selected_for_hi_res = page.page in selected_pages
            page.blocks = hi_res_blocks.get(page.page, [])
    return pages

_select_hi_res_pages() 根据 PageSignals 的 table_like_score、figure_like_score 决定哪些页面值得做高分辨率抽取，最多选 MAX_HI_RES_PAGES_PER_DOC = 6 页。对于扫描版 PDF（scanned_like_score > 2.0），后续可通过 pdf_rendering.py 渲染为图片再由 VLM 理解。

7.3 Ingestion 入库#

入库流程由 IngestionService（app/services/retrieval/indexing.py）统一编排。初始化时组装好 reader、extractor、splitter 三大组件：

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class IngestionService:
    def __init__(self, settings: Settings, clients: ModelClients | None = None) -> None:
        self.settings = settings
        self.clients = clients or ModelClients(settings)
        self.reader = ZoteroSQLiteReader(settings)
        self.extractor = PDFExtractor(settings=settings, prefer_unstructured=True)
        self.splitter = RecursiveCharacterTextSplitter(
            chunk_size=800,
            chunk_overlap=120,
            separators=["\n\n", "\n", "。", ". ", " ", ""],
        )

rebuild() 方法执行完整的离线入库链路：

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def rebuild(self, *, max_papers=None, force_rebuild=True) -> IngestionStats:
    records = self.reader.read_records(max_papers=max_papers)
    stats = IngestionStats(paper_records=len(records))
    paper_docs, block_docs = [], []
    state: dict[str, Any] = {"papers": {}}

    for record in records:
        paper_id = record.attachment_key
        if not record.file_exists:
            stats.papers_missing_pdf += 1
            continue
        pages = self.extractor.extract_pages(Path(record.file_path))
        # 生成 paper card (含 LLM 摘要) 和 block documents
        paper_doc, generated = self._build_paper_card(record=record, pages=pages)
        paper_docs.append(paper_doc)
        block_docs.extend(self._build_block_documents(record=record, pages=pages))
        stats.papers_indexed += 1
        state["papers"][paper_id] = {...}

    # 持久化到 JSONL
    self._persist_jsonl(self.settings.paper_store_path, paper_docs)
    self._persist_jsonl(self.settings.block_store_path, block_docs)
    # 向量化写入 Milvus
    vectors_upserted = self._upsert_vectors(paper_docs, block_docs, force_rebuild)
    ...

入库的核心产出是两类 LangChain Document：

paper docs：论文级索引，page_content 含 title/abstract/summary，metadata 含 paper_id、doc_id、title、authors、year、tags、top_evidence_hints
block docs：证据级索引，来源是 ExtractedBlock，metadata 含 doc_id（SHA1 哈希）、paper_id、page、block_type、caption、bbox、formula_hint

FORMULA_HINT_RE 会对包含 π、β、sigma、loss、objective、reward 等 token 的页面标记 formula_hint，供检索加权使用。向量写入 Milvus 时先尝试 text-embedding-3-large，失败自动降级到 text-embedding-3-small，batch upsert 默认每批 128 条带重试（可通过 upsert_batch_size 配置）。

7.4 Retriever 双索引检索#

DualIndexRetriever（app/services/retrieval/core.py）是在线检索的核心。初始化时加载本地 JSONL 并构建双路索引：

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class DualIndexRetriever:
    def __init__(self, settings: Settings) -> None:
        self.settings = settings
        self._paper_docs: list[Document] = []
        self._block_docs: list[Document] = []
        self._load_library_docs()
        self._paper_bm25 = self._build_bm25(self._paper_docs, settings.paper_bm25_top_k)
        self._block_bm25 = self._build_bm25(self._block_docs, settings.block_bm25_top_k)
        self._paper_dense = CollectionVectorIndex(settings, collection_name=settings.milvus_paper_collection)
        self._block_dense = CollectionVectorIndex(settings, collection_name=settings.milvus_block_collection)

    def refresh(self) -> None:
        """ingest rebuild 后重新加载 JSONL 和重建 BM25，无需重启服务"""
        self._load_library_docs()
        self._paper_bm25 = self._build_bm25(self._paper_docs, self.settings.paper_bm25_top_k)
        self._block_bm25 = self._build_bm25(self._block_docs, self.settings.block_bm25_top_k)

论文级检索 search_papers() 的核心逻辑——多路加权融合：

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def search_papers(self, *, query, contract, limit=None) -> list[CandidatePaper]:
    search_text = query.strip()
    target_terms = self._contract_target_terms(contract)
    # 用 targets 扩展检索词
    if target_text and target_text.lower() not in search_text.lower():
        search_text = f"{target_text} {search_text}".strip()

    weighted_docs: list[tuple[float, list[Document]]] = []
    # title anchor 精确匹配 (权重 1.6)
    anchors = self.title_anchor(target_terms)
    if anchors: weighted_docs.append((1.6, anchors))
    # relation anchor 关系锚定 (权重 1.3)
    relation_anchors = self.relation_anchor_docs(contract)
    if relation_anchors: weighted_docs.append((1.3, relation_anchors))
    # BM25 稀疏检索 (权重 0.9)
    if self._paper_bm25: weighted_docs.append((0.9, self._paper_bm25.invoke(search_text)))
    # Milvus dense 检索 (权重 0.8)
    dense_docs = self._paper_dense.search_documents(search_text, limit=...)
    if dense_docs: weighted_docs.append((0.8, dense_docs))
    # Weighted RRF 融合 + paper_match_boost 加权 → CandidatePaper 列表
    fused = self._rrf_fuse(weighted_docs)
    ...

四路召回最初设计为 Weighted RRF 多路融合（title anchor 1.6 / relation anchor 1.3 / BM25 0.9 / dense 0.8）。经过 159 题 × 12 配置消融实验，Pure Dense + paper_query_text QE 在所有条件下均最优（Hit@1=97.5%），多路融合不如 Dense 且慢 6 倍。当前默认使用 Dense-only 检索，BM25/Title Anchor/Relation Anchor 保留为可选模块。

relation_anchor_docs 的完整实现（core.py:690-770）：

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def relation_anchor_docs(self, contract: QueryContract) -> list[Document]:
    target_terms = self._contract_target_terms(contract)
    if not target_terms:
        return []

    # 第一步：用 title_anchor 找出锚点论文
    anchors = self.title_anchor(target_terms)
    if not anchors:
        return []

    # 第二步：从锚点论文提取"关系指纹"
    anchor_tags: set[str] = set()
    anchor_acronyms: set[str] = set()
    anchor_authors: set[str] = set()
    anchor_collections: set[str] = set()
    anchor_ids: set[str] = set()

    for doc in anchors:
        meta = doc.metadata or {}
        anchor_ids.add(str(meta.get("paper_id", "")))
        # 标签（|| 分隔）
        for tag in str(meta.get("tags", "")).split("||"):
            tag = tag.strip().lower()
            if tag: anchor_tags.add(tag)
        # 缩写词（从 aliases 和 body_acronyms 提取）
        for field in ("aliases", "body_acronyms"):
            for item in str(meta.get(field, "")).split("||"):
                item = item.strip().lower()
                if item and len(item) >= 2:
                    anchor_acronyms.add(item)
        # 作者（逗号分隔）
        for author in str(meta.get("authors", "")).split(","):
            author = author.strip().lower()
            if author: anchor_authors.add(author)
        # Zotero 分类路径（从预加载的 _collection_paths 字典查询）
        paper_id = str(meta.get("paper_id", ""))
        for coll_path in self._collection_paths.get(paper_id, []):
            anchor_collections.add(coll_path.lower())

    # 第三步：遍历所有非锚点论文，按共享信号打分
    scored: list[tuple[float, Document]] = []
    for doc in self._paper_docs:
        meta = doc.metadata or {}
        paper_id = str(meta.get("paper_id", ""))
        if paper_id in anchor_ids:
            continue  # 跳过锚点本身（title anchor 已召回）

        score = 0.0
        # 共享标签：+1.8 / 个
        doc_tags = {t.strip().lower() for t in
                    str(meta.get("tags", "")).split("||") if t.strip()}
        shared_tags = anchor_tags & doc_tags
        if shared_tags: score += len(shared_tags) * 1.8
        # 共享缩写词：+1.0 / 个（上限 5 个，防止高频缩写词噪声）
        doc_acronyms: set[str] = set()
        for field in ("aliases", "body_acronyms"):
            for item in str(meta.get(field, "")).split("||"):
                item = item.strip().lower()
                if item and len(item) >= 2:
                    doc_acronyms.add(item)
        shared_acronyms = anchor_acronyms & doc_acronyms
        if shared_acronyms:
            score += min(len(shared_acronyms), 5) * 1.0
        # 共享作者：+1.2 / 个
        doc_authors = {a.strip().lower() for a in
                       str(meta.get("authors", "")).split(",") if a.strip()}
        shared_authors = anchor_authors & doc_authors
        if shared_authors: score += len(shared_authors) * 1.2
        # 共享 Zotero 分类路径：+2.5 / 个（最强信号）
        doc_collections = set()
        for coll_path in self._collection_paths.get(paper_id, []):
            doc_collections.add(coll_path.lower())
        shared_collections = anchor_collections & doc_collections
        if shared_collections:
            score += len(shared_collections) * 2.5

        if score > 0:
            meta["relation_score"] = score
            scored.append((score, doc))

    if not scored:
        return []
    scored.sort(key=lambda x: x[0], reverse=True)
    return [doc for _, doc in scored[:self.settings.paper_bm25_top_k]]

四个关系信号的权重设计依据：

信号	权重	数据来源	设计理由
Zotero 分类	2.5	`_collection_paths` 字典（检索器初始化时从 zotero.sqlite 加载）	用户手动整理的分类结构，同一分类的论文天然强相关
共享标签	1.8	paper_card metadata `tags` 字段	用户标记的结构化知识，置信度高
共享作者	1.2	paper_card metadata `authors` 字段	弱信号——同一作者可能跨领域发表
共享缩写词	1.0（≤5）	paper_card metadata `aliases` + `body_acronyms`	最弱信号——PPO/RLHF 等高频缩写词易引入噪声，加 5 个上限

Zotero 分类数据通过 _load_collections() 在 DualIndexRetriever.__init__ 时调用 ZoteroSQLiteReader.read_attachment_collection_paths() 加载，返回 dict[attachment_key, list[collection_path_string]]。若 Zotero SQLite 不可用（非本地环境），静默降级为空字典，collection 信号自动跳过，其余三个信号继续生效。

RETRIEVAL_MARKERS 字典定义了场景化检索标记：公式场景加重 "objective"、"formula"、"公式" 等词；机制场景加重 "workflow"、"mechanism" 等词。BOOK_ITEM_TYPES 和 BOOKISH_TITLE_MARKERS（"实战"、"教程"、"指南"等）用于识别和降权书籍类条目。

7.5 Milvus 向量索引#

向量索引由 CollectionVectorIndex（app/services/retrieval/vector_index.py）封装，底层对接 Milvus（本地部署 http://localhost:19530）。系统维护两个 collection：zprag_papers 和 zprag_blocks。Embedding 使用独立的 embedding_api_key + embedding_base_url（fallback 到 openai_api_key），当前部署通过 Qihai 网关调用 text-embedding-3-large（3072 维），失败自动降级到 text-embedding-3-small（1536 维）。

配置项（app/core/config.py）：

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milvus_uri: str = "http://localhost:19530"
milvus_paper_collection: str = "zprag_papers"
milvus_block_collection: str = "zprag_blocks"
embedding_model: str = "text-embedding-3-large"        # 3072 维
embedding_fallback_model: str = "text-embedding-3-small"  # 1536 维
embedding_request_timeout_seconds: float = 120.0
embedding_batch_retry_attempts: int = 3

向量生成通过 ModelClients 提供的 HTTP client 直接调用 embedding API，不走 LangChain 包装——以便精细控制 batch size、超时和重试。CollectionVectorIndex.upsert_documents() 分批写入（默认 batch_size=128），遇网络错误自动重试；search() 返回 top_k 结果含 id/score/metadata。

7.6 SessionStore#

两个实现：InMemorySessionStore（测试/开发用 dict 存储）和 SQLiteSessionStore（生产用）。data/v4_sessions.sqlite3 存储 session 数据：

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class SQLiteSessionStore:
    def __init__(self, db_path: str | Path, max_turns: int = 8) -> None:
        self.db_path = Path(db_path)
        self.max_turns = max(1, max_turns)
        self._lock = threading.RLock()
        self.db_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
        self._init_db()

    def get(self, session_id: str) -> SessionContext:
        with self._lock:
            row = conn.execute(
                "SELECT context_json FROM sessions WHERE session_id = ?", (session_id,)
            ).fetchone()
            if row is None:
                return SessionContext(session_id=session_id)  # 首次访问创建新上下文
            return SessionContext.model_validate_json(row["context_json"])

    def upsert(self, context: SessionContext) -> None:
        context = _trim_context_history(context, max_turns=self.max_turns)
        payload = context.model_dump_json()
        conn.execute(
            """INSERT INTO sessions(session_id, context_json, updated_at)
               VALUES(?, ?, strftime('%Y-%m-%dT%H:%M:%fZ', 'now'))
               ON CONFLICT(session_id) DO UPDATE SET ...""",
            (context.session_id, payload),
        )

核心操作：get(session_id) → 获取/创建上下文；upsert(context) → 保存并裁剪历史；append_turn(session_id, turn) → 追加一轮对话。每次 upsert 时 _trim_context_history() 裁剪超过 max_turns 的旧轮次（构造函数默认 8，生产环境通过 deps.py 传入 agent_history_max_turns=24），压缩为摘要存入 summary 字段。序列化通过 Pydantic model_dump_json() / model_validate_json()。sync_active_research_compatibility() 负责 legacy 字段与新版 active_research 之间的兼容同步。

7.7 ModelClients#

ModelClients（app/services/infra/model_clients.py）是项目中所有大模型调用的统一封装层。惰性初始化，只在首次访问时创建连接：

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class ModelClients:
    def __init__(self, settings: Settings) -> None:
        self.settings = settings
        self._chat: ChatOpenAI | None = None
        self._vlm: ChatOpenAI | None = None
        self._http_client: httpx.Client | None = None
        self._async_http_client: httpx.AsyncClient | None = None

    @property
    def chat(self) -> ChatOpenAI | None:
        if not self.settings.openai_api_key: return None
        if self._chat is None:
            self._chat = ChatOpenAI(
                model=self.settings.chat_model,         # 当前部署: deepseek-v4-flash (默认: gpt-4o-mini)
                api_key=self.settings.openai_api_key,
                base_url=self.settings.openai_base_url,  # 当前: api.deepseek.com/v1
                temperature=0.1,
                max_tokens=self.settings.chat_max_tokens,  # 默认 1800
                http_client=self.http_client,
            )
        return self._chat

    @property
    def vlm(self) -> ChatOpenAI | None:
        if not self.settings.openai_api_key or not self.settings.enable_figure_vlm:
            return None
        if self._vlm is None:
            self._vlm = ChatOpenAI(
                model=self.settings.vlm_model,           # gpt-4.1-mini
                temperature=0.0,
                max_tokens=self.settings.chat_max_tokens,
                ...
            )
        return self._vlm

三个模型能力（均通过 OpenAI 兼容 API 调用，当前部署使用不同 provider）：

chat：意图识别、工具规划、claim 提取、验证、答案生成。当前部署 deepseek-v4-flash（配置项 chat_model，默认 gpt-4o-mini），temperature=0.1，max_tokens=1800
vlm：仅 enable_figure_vlm=True 时初始化，用于图表理解。当前部署 gpt-4.1-mini（配置项 vlm_model），temperature=0.0
embedding：通过 http_client / async_http_client 调用独立的 embedding API（embedding_api_key + embedding_base_url，fallback 到 openai_api_key）。当前部署 text-embedding-3-large（3072 维），通过 Qihai 网关

close() / aclose() 在 lifespan 关闭阶段释放连接池。invoke_json_messages() 和 invoke_tool_plan_messages() 封装了"发送 → 解析 JSON → fallback"流程，遇解析失败返回 fallback 而非抛异常。

7.8 WebSearch#

Web Search 由 TavilyWebSearchClient（app/services/retrieval/web_search.py）提供，对接 Tavily Search API。它的 search() 方法接受 query、max_results、search_depth 等参数，返回带标题、URL、摘要和原始内容的搜索结果列表。

在 Agent 主链路中，Web Search 不是默认开启的——用户需要在前端勾选"使用 Web 搜索"或请求中包含 use_web_search=true。当本地语料检索后证据不足时，Agent 会自动判断是否需要补充 Web 证据，调用 web_search 工具获取外部信息，再经过 build_web_research_claim() 把网页内容转化为与本地证据格式兼容的 claim。

collect_web_evidence() 函数负责完整的 Web 证据收集流程：搜索 → 获取页面内容 → 提取相关片段 → 生成带引用的 claim。Web 证据的引用格式与本地 PDF 证据统一，但在 citation 中会标记 source_type=web，前端展示时能区分来源是本论文库还是外部网页。

7.9 意图识别（intents/）#

intents/ 子包（10 模块）负责将用户自然语言问题转化为结构化意图，是整个 Agent 链路的入口认知层。

核心是 LLMIntentRouter（router.py），使用 tool-calling 模式而非传统文本分类——向 Chat Model 提供 5 个 tool choice，让模型根据语义选择最合适的动作：

Python3 代码示例

2 lines

RouterAction = Literal["answer_directly", "need_conversation_tool",
                       "need_corpus_search", "need_web", "need_clarify"]

路由输出不是只有动作标签，而是包含 relation（20+ 种：formula_lookup、paper_summary_results、entity_definition、metric_value_lookup、origin_lookup 等）、targets、requested_fields、confidence、continuation_mode 的完整结构。

各模块按问题类型分工：

research.py — 研究类问题的 answer slot 推断（research_answer_slots()）
conversation.py — 对话类意图（library_status, library_recommendation, memory_followup 等）
library.py — 论文库查询意图
figure.py — 图表类意图信号检测（figure_signal_score()）
followup.py / followup_relationship.py — 追问意图与关系判断
memory.py — 记忆类意图
contract_adapter.py — 在 answer_slots 和 research relation/requirements 之间做双向转换
marker_matching.py — MarkerProfile 机制，用关键词配置文件匹配用户问题特征

配置文件 intent_marker_profiles.json 定义了各类问题的标记词（如 DPO、PPO、PBA 等缩写属于 acronym 类 marker）。

7.10 规划与合约（planning/ + contracts/）#

planning/（7 模块） 负责将意图转化为可执行的研究计划：

research.py — build_research_plan()：从 QueryContract 生成 ResearchPlan（召回模式、evidence 数量、solver 顺序）
query_shaping.py — query_target_candidates()：从用户问题中提取目标实体和论文缩写
query_rewrite.py — rewrite_query()：多查询改写（multi_query / hyde / step_back），为检索生成多个角度的查询
solver_dispatch.py / solver_goals.py — 决定哪些 solver 需要执行，以及各自的目标
compound_tasks.py — 复合查询分解与合并
schema_claims.py — 判断是否应该使用 schema-based claim solver

contracts/（8 模块） 负责管理会话级别的上下文和约束：

session_context.py — agent_session_conversation_context()：构建 LLM 调用上下文（含历史轮次压缩、active research context 等）
normalization.py — normalize_contract_targets()：规范化 targets（别名、缩写、大小写统一）
contextual_resolver.py — 根据会话上下文消解实体引用（"它的实验结果" → 指上一轮那篇论文）
contextual_helpers.py — 上下文辅助函数
conversation_memory.py — 跨轮次 memory bindings（active_memory_bindings()）
conversation_helpers.py — 对话状态辅助
followup_relationship.py — 追问关系继承和纠正检测
context.py — contract_has_note()、contract_notes() 等辅助

7.11 Claim 求解与验证（claims/）#

claims/ 是最大的领域子包（23 模块），负责三类核心工作：求解（从 evidence 生成 claim）、验证（grounding 校验）、辅助（文本/公式/图表处理）。

求解器入口 solver_pipeline.py：

Python3 代码示例

2 lines

def run_claim_solver_pipeline(*, schema_allowed, generic_enabled, shadow_enabled,
                               solve_schema, solve_deterministic) -> ClaimSolverPipelineResult:

三路径策略：schema solver 可用且产出非空 → 直接用；否则走 deterministic solver；shadow mode 启用时两者并行运行并比较。

13 个 deterministic solver（_DETERMINISTIC_SOLVER_REGISTRY）： origin_lookup, formula（公式提取+变量解释）, followup_research, figure（VLM 图表理解）, table, metric_context, paper_recommendation, topology_recommendation, topology_discovery, paper_summary_results, default_text, entity_definition, concept_definition

验证器：verifier_pipeline.py 编排验证流程；type_verifiers.py 按 claim 类型做确定性校验；llm_verifier.py 处理复杂语义判断。deterministic_runner.py 和 deterministic_solver.py 提供 solver 执行基础设施。

辅助模块：formula_text.py（公式 token 提取与加权）、metric_text.py（指标数值提取）、visual_helpers.py（图像/图表信号）、paper_helpers.py / paper_summary.py（论文元信息）、origin_selection.py（起源论文选择）、followup_helpers.py（追问处理）、generic_solver.py（通用 schema solver）。

7.12 答案组合与实体（answers/ + entities/ + followup/ + clarification/）#

这四个子包负责将 claim 转化为最终回答：

answers/（10 模块）：AnswerComposerMixin 调用各 answer composer。evidence_presentation.py 构建引用格式（citations_from_doc_ids()、build_figure_contexts()）。citation_whitelist.py 提供回答引用白名单后置过滤（P0-1 安全加固）。entity.py / formula.py / paper.py / followup.py / topology.py / library_recommendations.py / memory_followup.py 各处理一种 answer 类型。conversation_state.py 管理对话回答状态。
entities/（4 模块）：实体定义相关。definition_helpers.py 提供实体定义求解辅助；definition_profiles.py 定义实体 marker profile；supporting_paper_selector.py 选择支撑论文；type_inference.py 推断实体类型。
followup/（2 模块）：candidates.py 生成追问候选；relationship_memory.py 管理追问关系记忆。
clarification/（3 模块）：intents.py 处理澄清意图（contract_from_selected_clarification_option()、clarification_options_from_contract_notes()）；questions.py 构建澄清问题（build_agent_clarification_question()）；limit_runtime.py 限制澄清次数（force_best_effort_after_clarification_limit()）。

7.13 Agent Mixin 架构（agent_mixins/）#

agent_mixins/（6 模块）是 Agent 架构的核心创新——将正交能力通过 Mixin 模式注入 ResearchAssistantAgent：

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7 lines 展开代码

class ResearchAssistantAgentV4(
    FollowupRoutingMixin,     # 追问路由：is_negative_correction_query, inherit_followup_relationship
    AnswerComposerMixin,      # 答案组合：compose_formula_answer, compose_paper_summary_results_answer 等
    EntityDefinitionMixin,    # 实体定义：消歧 + 定义提取
    SolverPipelineMixin,      # Claim 求解：_run_solvers → run_claim_solver_pipeline
    ClaimVerifierMixin,       # Grounding 校验：_verify_claims, _verify_claims_with_schema
):

这种设计让每个 Mixin 只关注自己的领域，不互相污染。concept_reasoning.py 是预留的概念推理 Mixin（未注入类继承）。

7.14 动态工具系统（tools/）#

tools/（3 模块）支持在不修改核心代码的情况下扩展 Agent 能力：

proposals.py — 工具提案管理：list_tool_proposals()、load_tool_proposal()、run_tool_proposal_sandbox()、transition_tool_proposal_status()。生命周期：draft → sandboxed → active → deprecated
registry_helpers.py — 700+ 行的工具注册基础设施，为 tool_registries.py 提供 handler 辅助函数
dynamic_context.py — 动态工具上下文管理

工具提案的 JSON manifest 包含 name、when、returns、input_schema、dangerous、streaming 等字段，与内置 AgentToolSpec 格式兼容，由 agent_tool_manifest() 合并后统一呈现给 LLM planner。

8. Agent 主链路#

Agent 主链路是整个系统最核心的运行时流程。从用户输入到最终答案，数据依次经过意图路由（Intent Router）、合约提取（Contract Extraction）、工具规划（Agent Planner）、工具执行（Agent Runtime / Tool Loop）、claim 求解（Solver Pipeline）、grounding 验证（Claim Verifier）和答案组合（Answer Composer）七个阶段。每个阶段都有明确的输入输出协议，阶段之间通过 QueryContract、ResearchPlan、EvidenceBlock、Claim、VerificationReport 等 domain model 传递状态。

整个链路的入口是 run_agent_chat_turn()（app/services/agent/chat_runtime.py），它创建 AgentRunContext，先尝试 compound query（复合查询分解），再走 run_standard_turn() 标准流程。标准流程又细分为：extract_agent_query_contract() 提取合约 → planner 生成 plan → runtime 执行 tool loop → solver 生成 claim → verifier 校验 → composer 组合答案 → finish_agent_turn() 写入 trace。

8.1 意图路由：LLMIntentRouter#

意图路由是整个链路的入口，由 LLMIntentRouter（app/services/intents/router.py）负责。核心创新：用 tool-calling 模式代替传统文本分类。Chat Model 从五个 tool choice 中选择最合适的一个：

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13 lines 展开代码

ROUTER_TOOLS: list[dict[str, Any]] = [
    {"name": "answer_directly",        # 寒暄、自我介绍——不需要论文语料
     "description": "Use when the answer does not need local PDF/web evidence.",
     "input_schema": {"properties": {"rationale": ..., "confidence": ..., "answer_style": ...}}},
    {"name": "need_conversation_tool",  # 论文库状态、推荐、引用排名、记忆追问
     "input_schema": {"properties": {"relation": ..., "targets": ..., "requested_fields": ...}}},
    {"name": "need_corpus_search",      # 需要本地 PDF 语料检索——多数研究问题的入口
     "input_schema": {"properties": {"relation": ..., "targets": ..., "requested_fields": ...}}},
    {"name": "need_web",                # 外部 Web 搜索（需用户显式开启）
     "input_schema": {...}},
    {"name": "need_clarify",            # 问题不明确或存在歧义
     "input_schema": {...}},
]

路由时模型同时输出 relation（20+ 种：formula_lookup、paper_summary_results、entity_definition、metric_value_lookup 等）、targets、requested_fields、confidence、continuation_mode（fresh/followup/context_switch）。路由结果通过 query_contract_from_router_decision() 转化为初始 QueryContract，再由 extract_agent_query_contract() 做规范化——包括继承 followup 上下文、应用 conversation memory、处理 pending clarification、normalize targets 等后续加工。

LLMIntentRouter.route() 接收会话 context（active_research、历史 turns、working_memory、persistent_learnings），判断跟进/纠正/切换关系。confidence 低于 confidence_floor（默认 0.6）时走 fallback。

8.2 AgentPlanner#

AgentPlanner（app/services/agent/planner.py）负责把 QueryContract 转化为可执行的工具计划：

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33 lines 展开代码

class AgentPlanner:
    def __init__(self, *, clients, conversation_context, conversation_messages,
                 is_negative_correction_query, confidence_floor=0.6,
                 dynamic_tool_manifest=None) -> None:
        ...

    def tool_manifest(self) -> list[dict[str, Any]]:
        """合并内置 + 动态工具的完整清单，去重后返回给 LLM"""
        manifest = []
        seen = set()
        for tool in [*agent_tool_manifest(), *list(self.dynamic_tool_manifest() or [])]:
            name = str(tool.get("name") or "").strip()
            if name and name not in seen:
                seen.add(name)
                manifest.append(dict(tool))
        return manifest

    def plan_actions(self, *, contract, session, use_web_search) -> dict[str, Any]:
        """生成初始工具序列"""
        fallback = fallback_plan(contract=contract, ...)
        if self.clients.chat is None: return fallback
        # 先尝试 tool-calling planner
        tool_plan = self.plan_with_tool_calls(contract, session, use_web_search)
        normalized = normalize_plan_payload(tool_plan, fallback, self.tool_names())
        if normalized is not None:
            return defer_premature_research_clarification(contract, normalized, fallback)
        # 失败则走 JSON planner
        payload = self.clients.invoke_json_messages(
            system_prompt=json_planner_system_prompt(context_payload),
            messages=planner_messages_with_user(...),
            fallback=fallback,
        )
        return normalize_plan_payload(payload, fallback, self.tool_names()) or fallback

核心方法：

plan_actions()：生成初始工具序列。先尝试 tool-calling planner，失败则降级到 JSON planner，最终兜底用 fallback_plan()
next_action()：tool loop 每步调用，根据已执行的 actions 和当前状态决定下一步
tool_manifest()：合并 20 个内置 AgentToolSpec + 动态 JSON manifest 工具

防呆逻辑：defer_premature_research_clarification() 避免检索前过早澄清；fallback_plan() 在模型规划失败时提供安全默认序列（conversation → ["compose"]，research → ["search_corpus", "compose"]）。

8.3 AgentRuntime 与 Tool Loop#

AgentRuntime（app/services/agent/runtime.py）是工具执行调度器。区分两条路径，但共享同一套 execute_tool_loop() 机制。

Conversation 路径 — execute_conversation_tools()：

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17 lines 展开代码

def execute_conversation_tools(self, *, contract, query, session, agent_plan,
                                max_web_results, emit, execution_steps) -> dict[str, Any]:
    actions = conversation_runtime_actions(contract=contract, agent_plan=agent_plan, ...)
    state = conversation_runtime_state(contract=contract, agent_plan=agent_plan)
    record_tool_loop_ready(emit=emit, tool="compose", actions=actions, ...)

    tools = build_conversation_tool_registry(agent=self.agent, state=state, ...)
    executor = AgentToolExecutor(tools)
    execute_tool_loop(
        agent=self.agent, executor=executor,
        planned_actions=actions,
        stop_condition=lambda executed: bool(state.get("answer")),
        ...
    )
    if not state.get("answer"):
        executor.run("compose")       # loop 未产出答案时兜底调用 compose
    return state

Research 路径 — run_research_agent_loop()：

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24 lines 展开代码

def run_research_agent_loop(self, *, contract, session, agent_plan, web_enabled, ...) -> dict[str, Any]:
    plan = build_research_plan(contract=contract, settings=self.agent.settings)
    state = research_runtime_state(contract=contract, plan=plan, ...)
    emit("plan", plan.model_dump())   # 发出 ResearchPlan 事件
    execution_steps.append({"node": "agent_tool:build_research_plan", "summary": ",".join(plan.solver_sequence)})

    actions = research_runtime_actions(contract=contract, agent_plan=agent_plan, web_enabled=web_enabled)
    record_tool_loop_ready(emit=emit, tool=tool_loop_ready_tool(actions), actions=actions, ...)

    tools = build_research_tool_registry(agent=self.agent, state=state, session=session, ...)
    executor = AgentToolExecutor(tools)
    execute_tool_loop(
        agent=self.agent, executor=executor,
        planned_actions=actions,
        stop_condition=lambda executed: (
            isinstance(state.get("verification"), VerificationReport)
            and state["verification"].status in {"pass", "clarify"}
        ),
        ...
    )
    if state["verification"] is None and not state.get("answer"):
        executor.run("compose")       # verification 未生成时兜底
    finalize_research_runtime(agent=self.agent, state=state, emit=emit, ...)
    return state

两条路径的 key difference：

Conversation 的 stop_condition：state["answer"] 非空即停
Research 的 stop_condition：verification.status 为 pass 或 clarify 才停
Research 多了 build_research_plan 步（内置非 LLM 可见工具），产出 solver_sequence
Conversation 注册了 query_library_metadata（直接 SQL 查论文库），Research 没有

Tool loop 运作方式：planner 决定 next action → executor 调用对应 handler → handler 通过 emit 产出事件 → 检查 stop_condition → 继续或终止。默认 max_agent_steps=8、retry_budget=1 防止无限循环。

8.4 Tool Registry 与 AgentToolExecutor#

工具系统三层结构（app/services/agent/tools.py）：

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29 lines 展开代码

@dataclass(frozen=True, slots=True)
class AgentToolSpec:
    """LLM 可见的工具声明（20 个内置 + 动态）"""
    name: str
    when: str                      # 使用场景描述
    returns: str                   # 返回内容描述
    input_schema: dict[str, Any]   # 参数 JSON Schema
    research_executable: bool = False
    conversation_executable: bool = False
    dangerous: bool = False
    streaming: bool = False

@dataclass(frozen=True, slots=True)
class RegisteredAgentTool:
    """Runtime 注册的可执行工具"""
    name: str
    handler: Callable              # 实际执行函数
    requires: tuple[str, ...] = () # 前置依赖工具
    terminal: bool = False         # 是否终止 loop
    accepts_arguments: bool = False
    streaming: bool = False

class AgentToolExecutor:
    """工具执行器：注册 → 依赖解析 → 执行 → 去重"""
    def __init__(self, tools: dict[str, RegisteredAgentTool]): ...
    def run(self, action, *, arguments=None, argument_provider=None, emit=None) -> bool:
        """执行工具。先解析 requires 依赖，再调用 handler，返回是否 terminal"""
    def run_parallel(self, actions, *, arguments=None, max_workers=4, emit=None) -> bool:
        """并行执行多个独立工具"""

执行时 AgentToolExecutor.run() 自动：

解析 requires 依赖链（依赖未执行则先执行依赖）
按 (tool.name, arguments_fingerprint) 去重
emit thinking_delta 事件（"调用 search_corpus(query=…, scope=auto)…"）
通过 begin_tool_execution() / end_tool_execution() 记录耗时和 metrics
terminal 工具（compose、ask_human）返回 True 触发 loop 终止检查

工具注册表分别由 build_conversation_tool_registry() (12 工具) 和 build_research_tool_registry() (18 工具) 在 tool_registries.py 中构建，两者都通过 _add_dynamic_tools() 注入动态工具。

8.5 Search Corpus 检索执行#

search_corpus 是 research 路径最核心的工具，在 tool loop 中被多次调用。research_search_handlers.py 中的 search_corpus() handler：

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14 lines 展开代码

def search_corpus(arguments=None) -> None:
    request_input = planned_input("search_corpus", arguments)
    strategy = search_corpus_strategy(request_input)  # 解析 strategy 参数
    # 如果指定了原子检索策略，直接委托
    if strategy in {"bm25", "vector", "hybrid"}:
        run_atomic_search(f"{strategy}_search", request_input)
        return
    # 否则走两阶段：先找候选论文，再找证据块
    if not state.get("screened_papers"):
        search_papers(request_input)       # → agent_search_papers() → DualIndexRetriever.search_papers()
    if not state.get("evidence"):
        search_evidence(request_input)     # → agent_search_evidence() → DualIndexRetriever.search_blocks()
    summary, payload = search_corpus_observation_payload(state)
    record_observation(tool="search_corpus", summary=summary, payload=payload)

agent_search_papers() 调用 DualIndexRetriever.search_papers() → 产出 candidate_papers → screen_agent_papers() 筛选 → screened_papers 事件。agent_search_evidence() 调用 search_blocks() → evidence 事件。

消歧发生在后续的 agent_solve_claims()（compose handler 中）：先通过 disambiguation_options_from_evidence() 生成歧义选项，再由 judge_disambiguation_options() 调用 LLM-judge，高置信度（≥0.85）时自动绑定，低置信度时标记 judge_recommended 或进入人工澄清。

8.6 Claim Solver：SolverPipelineMixin#

SolverPipelineMixin._run_solvers() 将 evidence 转化为结构化 Claim。核心执行流程：

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11 lines 展开代码

class SolverPipelineMixin:
    def _run_solvers(self, *, contract, plan, papers, evidence, session) -> list[Claim]:
        schema_allowed = should_use_schema_claim_solver(contract=contract, plan=plan, ...)
        result = run_claim_solver_pipeline(
            schema_allowed=schema_allowed,
            generic_enabled=...,       # 是否启用通用 schema solver
            shadow_enabled=...,        # 是否启用 shadow mode（双跑对比）
            solve_schema=lambda: self._run_schema_claim_solver(...),
            solve_deterministic=lambda: self._run_deterministic_claim_solver(...),
        )
        return result.claims

_DETERMINISTIC_SOLVER_REGISTRY 注册了 13 种 solver：

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15 lines 展开代码

_DETERMINISTIC_SOLVER_REGISTRY = {
    "origin_lookup":          solve_origin_lookup_claims,       # 概念起源论文
    "formula":                solve_formula_claims,             # 公式 + 变量提取
    "followup_research":      solve_followup_research_claims,   # 多轮追问
    "figure":                 solve_figure_claims,              # 图表理解 (VLM)
    "table":                  solve_table_claims,               # 表格解析
    "metric_context":         solve_metric_context_claims,      # 指标数值提取
    "paper_recommendation":   solve_paper_recommendation_claims,
    "topology_recommendation": solve_topology_recommendation_claims,
    "topology_discovery":     solve_topology_discovery_claims,
    "paper_summary_results":  solve_paper_summary_results_claims,
    "default_text":           solve_default_text_claims,
    "entity_definition":      solve_entity_definition_claims,
    "concept_definition":     solve_concept_definition_claims,
}

run_claim_solver_pipeline() 执行策略：schema solver 可用且产出非空 → 直接用 schema 结果；否则走 deterministic solver。shadow mode 启用时两者并行运行，比较结果写入 _last_generic_claim_solver_shadow 供 runtime_summary 展示。

每个 solver 接收 (contract, plan, papers, evidence, ...) → 返回 list[Claim]。例如 DPO 公式查询中，formula_solver 从 evidence 提取 L_DPO 公式、β 参数、π_θ 策略定义等结构化 claim。

8.7 Claim Verifier：ClaimVerifierMixin#

ClaimVerifierMixin._verify_claims() 实现三层验证：

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20 lines 展开代码

def _verify_claims(self, *, contract, plan, claims, papers, evidence) -> VerificationReport:
    if not claims:
        return VerificationReport(status="retry", missing_fields=plan.required_claims,
                                  recommended_action="expand_recall")
    # ── 第一层：Deterministic 证据 ID 审计 ──
    # 检查 claim 引用的 evidence_ids 是否真实存在于当前 evidence 列表中
    # 引用了不存在 doc_id 的 claim → unsupported（可能是 LLM 幻觉）
    real_doc_ids = {e.doc_id for e in evidence} | {p.paper_id for p in papers}
    orphan_claims = [c for c in claims if c.evidence_ids and not (c.evidence_ids & real_doc_ids)]
    if orphan_claims:
        return VerificationReport(status="clarify", unsupported_claims=orphan_claims, ...)

    # ── 第二层：Schema / Type-specific 验证 ──
    schema_report = self._verify_claims_with_schema(contract, plan, claims, papers, evidence)
    if schema_report is not None:
        return schema_report

    # ── 第三层：Generic fallback 验证 ──
    report = self._verify_claims_with_generic_fallback(contract, plan, claims, papers, evidence)
    return report or VerificationReport(status="pass")

第二层 type-specific 验证器（app/services/claims/type_verifiers.py）按 relation 分发：

verify_formula_lookup_claims()：检查公式是否含数学表达式 + 变量解释 + 匹配目标
verify_metric_value_lookup_claims()：精确数值比对（允许舍入误差，不允许语义近似）
verify_origin_lookup_claims()：检查起源引用的论文是否确实提出了该概念
verify_figure_question_claims()：检查图表 claim 的图像证据支持
verify_followup_research_claims()：检查追问与上轮上下文一致性

第三层 LLM 验证器（app/services/claims/llm_verifier.py）用于复杂语义判断，如 verify_formula_claims_with_llm() 对比 claim 和原始公式的一致性。

最终 VerificationReport 含 status（pass/retry/clarify）、missing_fields、unsupported_claims、contradictory_claims、recommended_action。非 pass 时触发 retry 或澄清。

8.8 Answer Composer：AnswerComposerMixin#

Answer Composer 把验证通过的 claim 转化为 Markdown 回答。核心分发机制在 tool_registries.py 的 compose() handler 中——conversation 路径通过 _COMPOSE_RELATION_STEPS 表按 relation 分发：

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_COMPOSE_RELATION_STEPS: dict[str, list[Callable[[], None]]] = {
    "library_status":           [query_library_metadata, get_library_status],
    "library_recommendation":   [get_library_recommendation],
    "memory_followup":          [answer_from_memory],
    "memory_synthesis":         [synthesize_previous_results],
    "library_citation_ranking": [recover_previous_recommendation_candidates,
                                 web_citation_lookup,
                                 rank_by_verified_citation_count],
}

def compose() -> None:
    steps = _COMPOSE_RELATION_STEPS.get(contract.relation)
    if steps is not None:
        for step_fn in steps:
            step_fn()                        # 按顺序执行该 relation 对应的步骤
    elif not state.get("answer"):
        answer_conversation()                # fallback: 通用对话回答

Research 路径的 compose 在 research_compose_handlers.py 中——agent_solve_claims() 调用 SolverPipelineMixin._run_solvers() → ClaimVerifierMixin._verify_claims() → 消歧 → 生成最终答案。

AnswerComposerMixin 提供的具体 composer 方法按 relation 分发：

公式回答（compose_formula_answer()）：格式化公式、变量解释表、来源引用
论文摘要回答（compose_paper_summary_results_answer()）：目标、方法、结果
指标回答（compose_metric_value_answer()）：精确数值、单位、上下文
追问回答（compose_followup_research_answer()）：结合上轮上下文
论文推荐回答：推荐列表、理由、论文卡片
论文库状态回答：论文数、分类统计
记忆追问回答（compose_memory_followup_answer()）：从 working memory 检索

所有 composer 统一输出 AssistantCitation 结构（doc_id、paper_id、title、authors、year、page、block_type、caption、snippet），回答中用 Markdown 引用标记，前端点击跳转 PDF 预览。

8.9 多轮记忆与澄清机制#

合约提取是连接意图路由和后续执行的关键环节。extract_agent_query_contract()（app/services/agent/contract_extraction.py）实现多层加工：

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def extract_agent_query_contract(*, agent, query, session, mode,
                                  clarification_choice=None) -> QueryContract:
    clean_query = " ".join(query.strip().split())
    # 1. 检查是否有 pending clarification（上轮追问等待用户选择）
    clarified = contract_from_pending_clarification(clean_query, session, clarification_choice)
    if clarified is not None: return clarified

    # 2. LLMIntentRouter 路由
    targets = extract_targets(clean_query)
    decision = agent.llm_intent_router.route(query=clean_query, session=session)
    contract = query_contract_from_router_decision(decision, clean_query, session, targets, ...)

    # 3. 规范化 + followup 上下文继承
    if contract.continuation_mode == "followup":
        contract = inherit_followup_relationship_contract(contract, session)
    if contract.continuation_mode == "context_switch":
        contract = normalize_followup_direction_contract(contract, session)
    contract = resolve_contextual_research_contract(contract, session)
    contract = normalize_contract_targets(contract, ...)
    return contract

上下文压缩策略：agent_session_conversation_context() 构建每次 LLM 调用的上下文——最近 4 轮 answer 保留 900 字符，更早轮次 280 字符，超过 8 轮压缩进 summary_of_compressed_older_turns。

FollowupRoutingMixin 处理追问路由——is_negative_correction_query() 检测否定纠正（"不对，我要的是…"），触发上下文清除和重新检索；inherit_followup_relationship_contract() 为延续类问题继承 active_research。

澄清机制：LLM-judge 消歧在 disambiguation_runtime.py 中——judge_disambiguation_options() 调用 LLM 判断自动绑定或人工澄清。DISAMBIGUATION_AUTO_RESOLVE_THRESHOLD = 0.85（自动绑定），DISAMBIGUATION_RECOMMEND_THRESHOLD = 0.65（推荐但不自动）。force_best_effort_after_clarification_limit() 防止无限澄清循环。

9. 前端交互#

前端由 app/static/index.html 提供，是一个单页式论文研究工作台。页面布局分为四个主要区域：

左侧 Zotero 论文库侧栏：启动时通过 GET /api/v1/library 加载论文列表，按 Zotero collection 分类展示，每篇论文显示标题、作者、年份和标签。点击论文可以触发右侧的 PDF 预览和论文信息面板。

中间聊天区：用户输入问题后，前端通过 POST /api/v1/chat/stream 建立 SSE 长连接，实时接收后端事件。聊天区支持 Markdown 渲染（含 LaTeX 数学公式）、引用标记点击、流式文本追加和思考过程展示（thinking_delta 事件）。

右侧 Runtime Inspector：展示 Agent 执行过程中的关键事件。包括 session 信息、query contract（结构化意图）、agent plan（工具计划）、plan（研究计划细节）、observation（LLM 中间观察，如 disambiguation judge 决策）、agent_step（工具步骤开始）、thinking_delta（模型思考过程流式输出）、tool_call（工具调用和摘要）、candidate_papers / screened_papers（候选论文和筛选结果）、evidence（检索到的证据块数量）、solver_selection（solver 选择结果）、claims（生成的结论数量）、verification（grounding 校验状态）、confidence（置信度评估）和 reflection（Agent 自我反思）。

引用来源和 PDF 预览：点击回答中的引用标记或 Runtime 面板中的 evidence 条目，前端会调用 GET /api/v1/citations/preview?doc_id=...&paper_id=... 获取证据详情，并在 PDF 预览区展示对应论文的 PDF 页面（通过 GET /api/v1/library/papers/{paper_id}/pdf 加载 PDF，使用 PDF.js 渲染到指定页码）。

前端代码没有使用 React/Vue 等框架，而是基于原生 JavaScript + DOM 操作实现，配合 CSS Grid 布局。SSE 事件解析使用 fetch + ReadableStream reader，每个事件的 event 类型和 data payload 被解析后路由到对应的 UI 更新函数。Runtime 面板按时间线展示事件卡片，每张卡片显示事件类型、工具名、摘要和 payload 详情。前端的价值不在于前端工程复杂度，而在于把后端 Agent 的完整执行过程可视化，让用户不仅看到最终答案，也能看到 Agent 如何理解问题、调用工具、检索证据、消歧候选和完成校验。

10. 核心功能#

10.1 Zotero 论文库浏览#

系统启动后从 Zotero SQLite 数据库读取所有论文记录，按 collection 分类展示在前端侧栏。支持按标题搜索、按分类筛选、查看论文详情（metadata、abstract、tags）、预览 PDF 首页。论文库数据通过 LibraryBrowserService 统一提供，前端侧栏和论文预览使用同一套数据接口。

10.2 多模态 PDF 检索问答#

支持多种问题类型和证据模态的组合检索。每种类型对应 QueryContract.relation，驱动不同的 solver 和验证器：

relation	含义	solver	证据模态
`formula_lookup`	公式查询	`solve_formula_claims`	page_text, table
`metric_value_lookup`	指标查询	`solve_metric_context_claims`	page_text, table
`figure`	图表理解	`solve_figure_claims` (VLM)	figure, caption
`table`	表格解析	`solve_table_claims`	table
`entity_definition`	实体定义	`solve_entity_definition_claims`	page_text
`concept_definition`	概念定义	`solve_concept_definition_claims`	page_text
`paper_summary_results`	论文摘要	`solve_paper_summary_results_claims`	page_text
`origin_lookup`	起源查找	`solve_origin_lookup_claims`	page_text
`default_text`	通用问答	`solve_default_text_claims`	page_text
`paper_recommendation`	论文推荐	`solve_paper_recommendation_claims`	paper cards
`topology_discovery`	拓扑发现	`solve_topology_discovery_claims`	page_text
`topology_recommendation`	拓扑推荐	`solve_topology_recommendation_claims`	page_text

DPO 公式查询的实际 QueryContract（来自真实 trace）：

1
{
2
  "clean_query": "帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式",
3
  "interaction_mode": "research",
4
  "relation": "formula_lookup",
5
  "targets": ["DPO", "Direct Preference Optimization"],
6
  "answer_slots": ["formula"],
7
  "requested_fields": ["formula", "variable_explanation", "source"],
8
  "required_modalities": ["page_text", "table"],
9
  "answer_shape": "bullets",
10
  "precision_requirement": "exact"
11
}

precision_requirement=exact 要求精确定位原文公式而非概念总结；required_modalities 指导检索层按 block_type 过滤证据块。

10.3 多轮上下文记忆#

系统通过 SessionContext 维护多轮对话状态，包括当前研究主题（active_research）、历史轮次（turns）、工作记忆（working_memory）和持续学习（persistent_learnings）。追问时自动识别与上一轮的关系（延续/纠正/切换），复用或更新研究上下文。

10.4 引用溯源与 PDF 预览#

回答中的每个结论都附带引用标记，指向具体的证据块（doc_id）和论文（paper_id）。用户点击引用可以查看证据片段、页码、块类型和原始 PDF 页面。引用的证据块类型涵盖 page_text、table、figure、formula_hint 等。

10.5 流式回答与运行时可视化#

SSE 流式接口实时推送 Agent 执行全过程：Intent → Contract → Plan → Tool Loop → Evidence → Claims → Verification → Answer Delta。前端 Runtime 面板按时间线展示这些事件，用户可以追踪每一步的输入输出，调试和验证 Agent 的推理过程。

10.6 Web Search 补充检索#

当本地论文库无法覆盖用户问题时（需用户显式开启），Agent 可以通过 Tavily API 进行 Web 搜索，获取外部网页信息，并转化为与本地证据格式兼容的 claim 和 citation。Web 来源在回答中会标记 source_type=web，与本地 PDF 引用区分。

10.7 动态工具扩展#

系统支持在不修改代码的情况下通过 JSON manifest 注册自定义工具。load_agent_dynamic_tool_manifests() 从配置目录加载工具描述（name、when、returns、input_schema、dangerous、streaming），Agent Planner 和 Runtime 会自动将这些工具纳入工具清单和执行计划。API 层的 ToolProposalSandboxRequest 和 ToolProposalTransitionRequest 支持工具提案的生命周期管理。

10.8 Trace 持久化与调试#

每次 Agent 运行结束后，完整的执行 trace（包括所有事件、execution_steps 和 final_payload）会写入 data/traces/<session_id>/ 目录下的 JSONL 文件。scripts/diff_agent_traces.py 可以对两次运行的 trace 做 diff 对比，帮助定位 Agent 行为变化的原因。

11. 测试与评估#

11.1 单元测试#

测试目录 tests/ 包含 80+ 个测试文件，覆盖了几乎所有服务模块。测试使用 pytest 框架，部分测试直接实例化模块进行单元测试，部分使用 StubModelClients 替代真实模型调用以加速执行。

关键测试覆盖范围：

Agent 核心流程：test_agent_v4.py 测试完整的 Agent turn、contract extraction、planner、runtime、loop 和事件流
意图路由：test_intent_router.py、test_conversation_intents.py、test_research_intents.py、test_figure_intents.py、test_followup_intents.py 等测试不同场景下的意图识别
Claim solvers：test_formula_claim_solver.py、test_generic_claim_solver.py、test_concept_definition_solver.py、test_entity_definition_claim_solver.py、test_deterministic_claim_solver.py 等测试各类 solver
Claim verifiers：test_claim_type_verifiers.py、test_claim_verifier_pipeline.py、test_claim_verification_helpers.py、test_llm_claim_verifier.py 测试验证逻辑
检索与入库：test_indexing_and_retrieval_hardening.py、test_evidence_tools.py、test_citation_ranking.py、test_web_evidence.py、test_url_fetcher.py
会话与记忆：test_session_store.py、test_session_context_helpers.py、test_memory_artifact_helpers.py、test_learnings.py、test_research_memory.py
合约与意图适配：test_intent_contract_adapter.py、test_intent_marker_profiles.py、test_contract_normalization.py、test_contract_context.py
安全：test_security.py、test_prompt_safety.py
前端：test_frontend_v5.py

11.2 Eval Cases#

Eval cases 定义在 evals/cases_test_md.yaml 中，使用 YAML 格式。scripts/run_v4_eval.py 通过 HTTP 调用 /api/v1/chat 接口自动判断通过/失败：

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21 lines 展开代码

# Eval case 结构示例
cases = [
    {
        "query": "帮我看看 DPO 这篇论文的核心公式",
        "expect": {
            "interaction_mode": "research",
            "has_citations": True,
            "answer_markers": ["DPO", "公式", "π"],      # 期望出现的文本
            "forbidden_markers": ["证据不足", "无法回答"],  # 不应出现的文本
        }
    },
]

# 评判逻辑
def _evaluate_turn(response, expect):
    answer = response.get("answer", "")
    if _contains_any(answer, expect.get("forbidden_markers", [])):
        return False, ["forbidden_marker_found"]
    if not _count_group_matches(answer, expect.get("answer_markers", [])):
        return False, ["answer_markers_missing"]
    return True, []

评估指标：

insufficient_answer_rate：答案中出现"证据不足"标记的比例
marker_match_rate：期望标记命中率
citation_present_rate：有引用的回答比例
interaction_mode_accuracy：interaction_mode 分类准确率

11.3 关键回归场景#

几个经常被回归测试覆盖的关键场景：

DPO 公式查询：验证缩写消歧 + 公式提取 + 变量解释的完整链路
论文摘要查询：验证论文级检索 + 多证据融合 + 结构化摘要
多轮追问：验证上下文继承、active_research 更新、纠正场景
澄清场景：验证 LLM-judge 自动消歧和人工澄清的阈值边界
论文库状态查询：验证 conversation 路径的 library_status 和 recommendation

11.4 检索对比评测#

除了单元测试和 Eval Cases，系统还包含一套独立的检索模块对比评测框架，用于量化多路融合检索策略的实际效果。

评测目标：对比 Pure Dense（单路 Milvus 向量检索）、BM25+Dense RRF（双路等权融合）和 Enhanced（四路 Weighted RRF + LLM 目标提取）三个配置在论文级检索上的表现。

评测集设计：评测集 data/eval_queries_v3.json 包含 159 道查询，覆盖 110/113 篇论文（覆盖率 97%）。构造方法遵循 IR 评测集标准流程——论文分类 → 分类型生成查询 → 难度分级 → Ground Truth 标注。

论文分类：

类型	数量	特征	查询生成方式
命名方法型	43 篇	标题以方法名开头+冒号（如 `LoRA: Low-Rank Adaptation...`）	模板自动生成："{method}是什么？"、"{method}的核心原理？"
描述标题型	70 篇	完整句子描述贡献（如 `Learning Transferable Visual Models From Natural Language Supervision`）	手动构造，用领域知识将论文贡献映射为自然语言查询

难度分级：

难度	数量	定义	示例
Easy	18 题	查询中的方法名直接出现在目标论文标题中	"LoRA是什么？" → `LoRA: Low-Rank Adaptation...`
Medium	68 题	方法名在标题中，但查询需要推理或跨论文对比	"QLoRA和LoRA在量化上有什么不同？"
Hard	73 题	查询不含方法名，或方法名不在目标论文标题中	"怎么用强化学习优化离散文本prompt？" → `RLPrompt: Optimizing Discrete Text Prompts...`

Ground Truth：每道题对应一篇论文（single-label）。命名方法型论文的 ground truth 是该论文本身；描述标题型论文的 ground truth 根据论文实际贡献手动指定。

对比配置：

配置	检索方式	融合策略
Pure Dense	Milvus 向量 top-6	无融合
BM25+Dense RRF	BM25(12) + Dense(12)	标准 RRF 等权融合
Enhanced	LLM Router 提取 targets → 4-path Weighted RRF (1.6/1.3/0.9/0.8)	多路加权融合（不含 screen_papers）

评估指标：Hit@1、Hit@3、Hit@5、MRR（Mean Reciprocal Rank）、NDCG@5，按难度分层报告。同时记录每个配置的平均检索延迟。

评测脚本：scripts/eval_retrieval.py，支持 --queries-json 指定评测集、--max-papers 控制检索数量、--seed 固定随机种子以确保可复现。

1
python scripts/eval_retrieval.py --queries-json data/eval_queries_v3.json --max-papers 6 --seed 42

评测结果保存在 data/eval_retrieval_results.json，包含每个配置的聚合指标和逐题详情，可用于后续分析各配置在不同难度和查询类型上的表现差异。

整库评测结果（159 题，3 配置，BM25 使用 jieba CJK 分词器）：

Metric	Pure Dense	BM25(jieba)+Dense RRF	Enhanced (4-path)
Hit@1	0.956	0.748	0.824

分难度结果：

难度	题数	Dense Hit@1	BM25+Dense Hit@1	Enhanced Hit@1
Easy	18	1.000	1.000	1.000
Medium	68	0.985	1.000	1.000
Hard	73	0.918	0.575	0.575

在消歧义与关系查询专项（26 题）和注入噪声对比（26 题）两个细分评测集上的表现见 11.5 消融实验。

关键发现：

Pure Dense 在整库语义匹配上几乎完美（Hit@1=97.5%）。这是因为 text-embedding-3-large（3072 维）在 113 篇论文的封闭域上，paper_card 中的 LLM 摘要（占内容的 86%）提供了充分的语义信号。
BM25 对中文原本完全失效（Hit@1=0.176），原因是默认空格分词器将整句中文字符串视为单个 token。更换为 jieba CJK 分词器后恢复到 0.748——这是整个评测过程中最有价值的工程发现。
Enhanced 在整库评测中未超越 Pure Dense（0.824 vs 0.956），因为评测集中多数查询属于"方法名→论文"的语义匹配，正是 Dense 的最强项。多路融合的价值不在此类查询上体现。

11.5 检索消融实验#

为进一步量化 LLM 摘要和多路融合各自的贡献，设计了两组消融实验。

实验一：LLM 摘要贡献度分析

paper_card 的内容组成：

组成部分	字符数	占比
结构化字段（title, aliases, authors, year, tags）	419	14%
LLM/Zotero 生成的摘要	1258	42%
证据提示及其他	1333	44%

摘要占 paper_card 总内容的 42%，是 Dense embedding 最主要的语义来源。去掉摘要后，embedding 只能基于 419 字符的结构化关键词来计算。

实验二：摘要消融对比（26 道消歧义+关系查询）

构建一份完全去除摘要的 paper_card（abstract_or_summary: [removed]），重建 Milvus 索引和 BM25 索引，在相同查询上对比：

配置	有摘要 Hit@1	无摘要 Hit@1	Δ
Pure Dense	0.577	0.500	-13.3%
BM25(jieba)+Dense RRF	0.500	0.385	-23.1%
Enhaced (4-path)	0.308	0.538	+75.0%

结论：

摘要对 Dense 至关重要：去掉后 Hit@1 下降 13.3%，验证了 LLM 生成摘要是 Dense 高性能的前提。在面试中可将其作为独立优化点陈述——"LLM 生成的 1200+ 字符摘要将 paper_card 内容扩充了 6 倍，直接贡献了 13% 的 Hit@1 提升"。
多路融合在 Dense 弱化时接管：无摘要时 Enhanced 从 0.308 反超到 0.538（超过 Pure Dense 的 0.500），证明 Title Anchor 和 Relation Anchor 在 embedding 信号不足时提供了关键互补。
但在当前规模下，Dense 就是最优解：159 题整库评测中，Pure Dense 的 Hit@1（0.956）在所有配置中最高，Enhanced 在任何条件下都未超越它。多路融合在更大规模、更多噪声的场景下可能有意义，但在 113 篇论文的封闭域上是过度设计。基于此实验结论，项目已将默认检索路径简化为 Dense-only，Title Anchor 和 Relation Anchor 保留为可选模块。
BM25 jieba 修复的验证：无摘要时 BM25+Dense 从 0.500 掉到 0.385（-23.1%），说明 BM25 比 Dense 更依赖摘要文本中的关键词匹配。jieba 分词让 BM25 从完全不可用（0.176）恢复到可用水平（0.748），但在消歧义场景下仍不及 Dense。

消融实验脚本见 scripts/benchmark_stripped.py，结果保存在 data/eval_ablation_results.json。

11.6 架构边界测试#

test_review_architecture_boundaries.py 专门测试模块间的架构边界，确保 domain models 不依赖基础设施、service 层不循环依赖、Agent mixins 的正交性等约束。

12. 部署与运维#

12.1 systemd 服务#

生产部署使用 systemd 管理进程。服务定义在 deploy/systemd/pdf-rag-agent-v4.service：

1
[Unit]
2
Description=PDF RAG Agent V4
3
After=network-online.target
4
Wants=network-online.target
5

6
[Service]
7
Type=simple
8
User=ubuntu
9
WorkingDirectory=/home/ubuntu/owen/pdf-rag-agent-v4
10
Environment=PYTHONUNBUFFERED=1
11
ExecStart=/home/ubuntu/miniconda3/envs/zotero-paper-rag/bin/python -m uvicorn app.main:app --host 127.0.0.1 --port 8001
12
Restart=always
13
RestartSec=3
14

15
[Install]
16
WantedBy=multi-user.target

服务监听 127.0.0.1:8001，通过 Nginx 反向代理暴露到公网。Restart=always 和 RestartSec=3 确保进程异常退出后 3 秒自动重启。

12.2 环境变量#

配置通过 Settings（Pydantic BaseSettings, app/core/config.py）管理，从 .env 文件和环境变量读取。当前实际部署配置（/home/ubuntu/owen/pdf-rag-agent-v4/.env）：

1
# ── Chat Model（OpenAI 兼容协议）──
2
CHAT_MODEL=deepseek-v4-flash
3
OPENAI_API_KEY=sk-xxx
4
OPENAI_BASE_URL=https://api.deepseek.com/v1
5

6
# ── Embeddings（DeepSeek 不支持 embedding，走 Qihai 网关）──
7
EMBEDDING_MODEL=text-embedding-3-large
8
EMBEDDING_BASE_URL=https://api.qhaigc.net/v1
9
EMBEDDING_API_KEY=sk-xxx
10

11
# ── VLM ──
12
VLM_MODEL=gpt-4.1-mini
13

14
# ── Web Search ──
15
TAVILY_API_KEY=tvly-xxx

关键配置项说明：

环境变量	Settings 字段	当前值	默认值	说明
`CHAT_MODEL`	`chat_model`	`deepseek-v4-flash`	`gpt-4o-mini`	Chat 模型名
`OPENAI_API_KEY`	`openai_api_key`	`sk-xxx`	`""`	Chat + VLM 的 API key（也支持 `QIHANG_API` alias）
`OPENAI_BASE_URL`	`openai_base_url`	`api.deepseek.com/v1`	`api.openai.com/v1`	Chat + VLM 的 Base URL（也支持 `QIHANG_BASE_URL` alias）
`EMBEDDING_API_KEY`	`embedding_api_key`	`sk-xxx`	`""`	Embedding API key（独立字段，fallback 到 `openai_api_key`）
`EMBEDDING_BASE_URL`	`embedding_base_url`	`api.qhaigc.net/v1`	`api.openai.com/v1`	Embedding Base URL（也支持 `EMBEDDING_BASE` alias）
`EMBEDDING_MODEL`	`embedding_model`	`text-embedding-3-large`	同	Embedding 模型名
`VLM_MODEL`	`vlm_model`	`gpt-4.1-mini`	同	Vision 模型名
`embedding_fallback_model`	同上	`text-embedding-3-small`	同	Embedding 降级模型（1536 维）
`MILVUS_URI`	`milvus_uri`	`localhost:19530`	同	Milvus 连接地址
`TAVILY_API_KEY`	`tavily_api_key`	`tvly-xxx`	`""`	Web Search API key
`ADMIN_API_KEY`	`admin_api_key`	空	`""`	管理员 key（空=禁用敏感接口）

注意：Chat 和 VLM 共用同一个 openai_api_key + openai_base_url，而 Embedding 使用独立的 embedding_api_key + embedding_base_url（因为 DeepSeek 不支持 embedding，需要走 Qihai 网关）。

12.3 服务端口与路由#

FastAPI 服务监听 8001 端口，主要路由：

/ → 直接返回 index.html
/v4 / /v5 → 前端页面 index.html
/api/v1/health → 健康检查
/api/v1/library → 论文库列表
/api/v1/chat → 普通问答（一次性返回）
/api/v1/chat/stream → SSE 流式问答
/api/v1/ingest/rebuild → 索引重建（需 admin key）
/api/v1/citations/preview → 引用预览
/api/v1/tools/proposals → 动态工具提案管理
/metrics → Prometheus metrics（可选）

12.4 安全控制#

安全控制通过 app/core/security.py 实现：

require_admin_access()：检查 ADMIN_API_KEY 是否已配置，并根据请求头中的 X-API-Key 或 Authorization: Bearer 校验管理员身份。如果未配置 admin key，返回 503 禁用敏感接口。
require_pdf_access()：检查 PDF_ACCESS_KEY 是否已配置并校验，防止未授权访问本地 PDF 文件。
CORS 限制：通过 settings.cors_allow_origins 配置允许跨域的前端来源，未配置时默认不启用 CORS。
输入安全：prompt_safety.py 对用户输入做基本的注入检测和长度限制。

12.5 日志与监控#

日志通过 app/core/logging.py 的 setup_logging() 初始化，使用 Python 标准 logging 模块输出 JSON 格式日志，每条日志包含 timestamp、level、logger、message 和异常信息。

Prometheus metrics（可选）通过 prometheus_fastapi_instrumentator 暴露，包含 HTTP 请求数、响应延迟分布、状态码分布、Python GC 统计、进程内存和 CPU 使用率、文件描述符数量等指标。生产环境使用 Grafana 面板展示这些指标。

13. 项目难点与迭代#

13.1 从普通 RAG 到 Agent#

最初的设想是一个简单的"搜索 PDF + 问 LLM"系统。但实际使用中发现，论文问答需要的远不止检索+生成：用户可能用缩写指代论文、可能在追问中省略上下文、可能需要精确的公式或指标数值而不是模糊总结、可能需要比较不同论文的结果。这些需求迫使系统从一个简单的 RAG pipeline 演进成一个有意图理解、工具规划、多步执行、验证回退能力的 Agent 系统。

13.2 从 relation 分类到结构化意图#

早期版本的意图识别只输出一个 relation 字符串，后续模块各自从原始 query 中重新提取信息。这导致不同模块对同一问题的理解不一致。引入 QueryContract 后，所有后续模块都从同一个结构化的意图对象中读取 targets、requested_fields、required_modalities、answer_shape、precision_requirement 等字段，消除了信息提取的不一致性。

13.3 从固定流水线到 tool loop#

最早的实现是固定的线性流水线：识别意图 → 检索 → 抽 claim → 验证 → 回答。但实际场景中，有些问题需要多次检索（先找论文、再找公式、再找表格），有些需要验证失败后 retry，有些需要在检索过程中发现新目标。引入 tool loop 机制后，Agent 可以根据当前状态动态决定下一步动作，planner 可以在运行时调整工具序列，runtime 支持有限步数内的自动回退和重试。

13.4 多轮上下文绑定#

多轮对话的难点在于判断新问题与旧问题的关系。用户可能说"那它的实验结果呢"，系统需要知道"它"指的是上一轮讨论的那篇论文；用户也可能说"不对，我要的是 DPO 原论文"，系统需要识别这是对上一轮的纠正。通过 SessionContext 中的 active_research、topic_signature 和 FollowupRoutingMixin 的上下文分析，系统能够在不同 followup 模式下做出正确响应。is_negative_correction_query() 函数专门检测否定纠正类问题，触发上下文清除和重新检索。

13.5 公式、图表与精确指标#

这是论文问答中最具挑战性的部分。公式不是普通文本，LaTeX 和 Unicode 数学符号的检索需要特殊的 token 权重和匹配逻辑。图表需要 VLM 理解，但 VLM 的调用成本高、延迟大。精确指标（如 Accuracy=94.2%）要求系统不能做语义近似，必须精确匹配证据中的数值。

解决方案：

公式检索使用 retrieval_formula_token_weights 和 FORMULA_HINT_RE 做专门加权
图表理解采用按需调用 VLM 的策略，先用文本信号（figure_signal_score()）判断页面是否包含目标图表，再决定是否渲染并调用 VLM
指标验证使用 verify_metric_value_lookup_claims() 做精确数值比对，允许小范围舍入误差但不接受语义近似

13.6 从人工澄清到 LLM-judge 自动消歧#

早期版本中，只要系统发现一个缩写或实体可能对应多篇论文，就会直接进入 ask_human，把候选项交给用户选择。这种方式很安全，但在 DPO 这类"原论文明显存在，其他论文只是引用或应用"的场景下，会打断用户体验。最新版本加入了 DisambiguationJudgeDecision，让 LLM-judge 在候选 metadata、snippet、paper summary 和 ranking signals 的基础上判断是否可以自动绑定候选。只有当 judge 返回 auto_resolve 且置信度不低于 0.85 时，系统才自动选择论文；如果置信度不足，则仍保留人工澄清，并可把高分候选标记为推荐项。这样既减少了不必要的追问，也避免在低置信度场景下盲目猜测。

13.7 从单文件到分层架构#

项目最早的 agent.py 是一个超过 2000 行的单文件。随着功能增加，单文件变得难以维护：修改一个 solver 可能影响 planner，调试一个 bug 需要在同一文件中跳转数百行。重构过程经历了多次迭代：

第一轮：把 retrieval、library、session_store 拆成独立服务模块
第二轮：把 Agent 核心逻辑拆分为 planner、runtime、tools、events、loop 等模块
第三轮：引入 Mixin 模式，把 answer_composer、claim_verifier、entity_definition、followup_routing、solver_pipeline 五大能力正交拆分。ResearchAssistantAgent 通过多重继承组合这些 Mixin，每个 Mixin 只关心自己的领域
第四轮：把 claims、answers、intents、contracts、planning 按领域拆成独立子包，每个 app/services/<domain>/ 子包有明确的职责边界

现在的目录结构清晰反映了领域边界：__init__.py 中只做 re-export，模块间的依赖通过构造函数注入而非硬编码 import。

13.8 Dynamic Tools 扩展机制#

后续发现有些工具需求不适合写死在核心代码中（如特定的 SQL 查询、自定义的数据分析工具）。引入动态工具机制后，用户可以通过 JSON manifest 文件注册新工具，Agent 的 Planner 和 Runtime 会自动发现并集成这些工具。ToolProposalSandboxRequest 和 ToolProposalTransitionRequest 这两个 API schema 支持工具提案的生命周期管理——从提案创建、沙盒测试到正式启用。

13.9 Compound Query 复合查询#

对于包含多个独立子问题的复杂查询（如"比较 DPO 和 PPO 的公式，并分析各自的优缺点"），系统通过 run_compound_query_if_needed() 将问题分解为多个子任务，逐个执行后合并结果。compound.py 中的分解逻辑使用 LLM 判断是否需要拆分以及如何拆分，每个子任务独立走完整的 Agent 流程，最后通过 CompoundTaskResult 汇总。

14. 总结与后续优化#

14.1 项目总结#

PDF-RAG-Agent V5是一个从真实论文研究需求出发构建的智能助手系统。它的核心价值体现在几个方面：

分层架构清晰：API 层、Agent 层、服务层、数据层各司其职，通过 domain models 传递状态，避免了"到处传 dict"的混乱
检索设计务实：两级索引（论文级 + 证据级）+ Dense-only 默认检索（可选 BM25/Title Anchor）+ 场景化加权，解决了通用 RAG 在论文场景下的召回精度问题
Agent 链路完整：Intents → Contract → Plan → Tool Loop → Solver → Verifier → Composer 的七阶段链路，每一阶段都有明确的输入输出和失败处理
可观察性强：SSE 流式事件 + Runtime 面板 + trace 持久化，让 Agent 的每一步推理都可追踪、可调试
测试覆盖广：80+ 个测试文件覆盖几乎所有模块，StubModelClients 让测试不依赖外部 API
持续演进：从单文件到分层架构、从固定流水线到 tool loop、从人工澄清到 LLM-judge 自动消歧、从纯 RAG 到可以处理公式/图表/指标的论文 Agent，项目在整个开发过程中不断根据实际使用反馈迭代

14.2 后续优化方向#

Streaming 工具执行：目前 tool loop 中的工具是同步执行的，后续可以让 search_corpus 和 compose 在工具内部流式产出结果，减少用户感知的首 token 延迟
更智能的 retry 策略：当前 retry 预算固定为 1，可以根据 verification report 中 missing_fields 的具体类型（是缺公式还是缺指标还是缺论文）做更精细的 retry 决策
论文库增量更新：当前 ingest rebuild 是全量重建，后续可以支持增量模式——只处理新增或修改的论文，大幅缩短入库时间
多库联合检索：当前只支持单个 Zotero 库，后续可以支持多个 Zotero profile 或跨库检索
Answer quality 自动化回归：在 eval cases 基础上建立 answer quality 的自动化回归测试，每次改动后自动跑 eval 并对比分数，防止性能退化
持久化 learnings 的自动更新：当前 persistent_learnings 需要手动维护，后续可以让 Agent 在每次研究后自动提取关键发现并写入
跨论文对比能力增强：当前 compound query 支持基本的子任务分解，但跨论文的深度对比（如方法对比、结果对比、消融实验对比）还可以做得更精细
VLM 调用策略优化：当前 VLM 调用是按需的，但判断"是否需要 VLM"本身也需要一次 LLM 调用。后续可以通过更强的文本信号预处理减少不必要的 VLM 调度判断

Zotero Paper Agent

入口面板

Zotero Research Console

当前运行状态

项目文档

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1. 项目介绍#

2. 项目背景与目标#

2.1 为什么需要这个项目#

2.2 普通 PDF RAG 的问题#

2.3 想解决什么#

3. 系统架构总览#

3.1 前端层#

3.2 API 层#

3.3 Agent 编排层#

3.4 意图与规划层#

3.5 Claim 求解与验证层#

3.6 检索与数据层#

3.7 基础设施层#

4. 启动入口#

4.1 app/main.py#

4.2 FastAPI 应用创建#

4.3 路由与静态页面挂载#

4.4 lifespan 资源释放#

4.5 Prometheus metrics#

5. API 路由#

5.1 health#

5.2 library#

5.3 paper preview / pdf#

5.4 citation preview#

5.5 ingest rebuild#

5.6 chat / stream chat#

5.7 动态工具提案管理 API#

6. 数据模型#

6.1 API schema#

6.2 domain models#

6.3 QueryContract#

6.4 SessionContext#

6.5 ResearchPlan#

6.6 CandidatePaper / DisambiguationJudgeDecision#

6.7 Evidence / Claim / Verification / Citation#

6.8 真实流转案例#

7. 服务层拆解#

7.0 服务层设计总览#

7.1 Zotero 读取#

7.2 PDF 抽取#

7.3 Ingestion 入库#

7.4 Retriever 双索引检索#

7.5 Milvus 向量索引#

7.6 SessionStore#

7.7 ModelClients#

7.8 WebSearch#

7.9 意图识别（intents/）#

7.10 规划与合约（planning/ + contracts/）#

7.11 Claim 求解与验证（claims/）#

7.12 答案组合与实体（answers/ + entities/ + followup/ + clarification/）#

7.13 Agent Mixin 架构（agent_mixins/）#

7.14 动态工具系统（tools/）#

8. Agent 主链路#

8.1 意图路由：LLMIntentRouter#

8.2 AgentPlanner#

8.3 AgentRuntime 与 Tool Loop#

8.4 Tool Registry 与 AgentToolExecutor#

8.5 Search Corpus 检索执行#

8.6 Claim Solver：SolverPipelineMixin#

8.7 Claim Verifier：ClaimVerifierMixin#

8.8 Answer Composer：AnswerComposerMixin#

8.9 多轮记忆与澄清机制#

9. 前端交互#

10. 核心功能#

10.1 Zotero 论文库浏览#

10.2 多模态 PDF 检索问答#

10.3 多轮上下文记忆#

10.4 引用溯源与 PDF 预览#

10.5 流式回答与运行时可视化#

10.6 Web Search 补充检索#

10.7 动态工具扩展#

10.8 Trace 持久化与调试#

11. 测试与评估#

11.1 单元测试#